خلافت
ملا سلطان گنابادی از اقطاب فرقه دراویش گنابادی در هنگام بحث از ولایت، امامت را به ولایت معنوی و خلافت را به ریاست ظاهری تعبیر کرده و به‌صورت واضح، خلافت را حق امام علی (علیه السلام) نمی‌داند و در ابتدا می‌گوید که خلافت با پیامبر (صلی الله علیه و اله) ختم شد و سپس می‌گوید خلافت، فقط از خلفای ثلاثه برمی‌آید. این درحالی است که حضرت، خود بارها برای به دست آوردن حق خود تلاش کرد.
یکی از مروجان فرقه صوفیه گنابادی درباره مسئله خلافت در اسلام، به اظهارنظر پرداخته و معتقد است که اهل‌بیت (علیهم السلام) درباره امر خلافت، مطابق خواست مردم عمل می‌کردند و هیچ تلاش و کوششی برای به دست آوردن آن نمی‌کردند. ایشان درباره امام علی (ع) می‌گوید که حضرت نسبت به امر خلافت، کاملاً بی‌تفاوت بودند و تلاشی برای رسیدن به خلافت نداشتند و اگر 5 سال آخر عمر خویش هم به خلافت رسیدند فقط به خواست مردم بوده است.
یکی از مروجان فرقه صوفیه گنابادی مسئله خلافت را امری مردمی و نه الهی معرفی می‌کند و معتقد است که عملکرد ائمه اطهار (علیهم السلام) در خصوص مسئله خلافت، یعنی حکومت ظاهری بر مردم، تابع وضعیت مردم زمان خودشان بوده است. لذا برای اثبات این عقیده خود به جعل تاریخ متوسل می‌شود و ادعا می‌کند که حضرت علی و حضرت امام حسن و امام حسین (علیهم السلام) هیچ تلاشی برای رسیدن به خلافت انجام ندادند.
اقطاب و مشایخ فرقه صوفیه گنابادی مسئله خلافت را ریاست ظاهری و امامت را به ریاست و ولایت باطنی تعبیر کردند. یکی از مروجان این فرقه، درباره مسئله خلافت قائل به این است که خلافت همان حکومت ظاهری بر مردم و امری غیر انتصابی، بلکه امری انتخابی است که اراده مردم در تعیین و انتخاب خلیفه مؤثر و دخیل است. درحالی که این نظریه دقیقا همان نظریه اهل سنت است.
بزرگان و نظریه پردازان این فرقه، خلافت و امامت ائمه اطهار (علیهم السلام) را به دو جنبه ظاهری و باطنی تقسیم کرده و از خلافت به ریاست ظاهری و از امامت به ریاست و ولایت باطنی و معنوی تعبیر کرده‌اند. ایشان خلافت را شأن ائمه اطهار (علیهم السلام) نمی‌دانند، چراکه معتقدند که خلافت، حکومت ظاهری بر مردم و امری انتخابی است. درحالی‌که امامت، ولایت معنوی و باطنی و امری انتصابی برای دستگیری، هدایت و ارشاد نفوس انسان‌ها است.
در قرآن و احادیث نبوی حق تقدم حضرت علی (علیه‌السلام) به امر خلافت مورد تاکید قرار گرفته که بعد از رحلت پیامبر این امر مهم صورت نگرفت، حال اگر قرآن و احادیث را نادیده انگاریم، اعترافاتی که از خلیفه دوم نقل شده و خصوصیات افراد حاضر در شورای خلافت را گفته، این مهم را می‌رساند.
شرافت و بزرگی امام علی (علیه السلام) نه تنها در زمان حیات پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) و دوران متصل به آن، بلکه در ادوار پس از آن نیز برای بسیاری از عالمان و بزرگان متقن بوده و هست و بسیاری از بزرگان علمی مذاهب به این موضوع اذعان دارند.
ابن خلدون مالکی می‌نویسد: «گروهی از صحابه پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) مانند زبیر، عمار بن‌یاسرو مقداد بن‌اسود از شیعیان علی (علیه‌السلام) بودند و ایشان را سزاوارتر از دیگران به خلافت می‌دانستند.» بنابراین اتفاق و اجماع بر خلافت خلیفه اول وجود نداشت.
از دیدگاه ابن‌تیمیه مشروعیت‌بخشی در باب سیاست تنها از آن خداست و باید رضایت او در این باب جلب شود. در این راستا او حکومت پیامبر را به نص خداوند دانسته، اما در باب خلفاء بر مبنای خود خط بطلان می‌کشد.
مخالفین مذهب تشیع با بهانه‌های واهی شروع به تهمت بر علیه مذهب تشیع کرده و با دروغ و تهمتهای ناروا تلاش دارند تا این مذهب که یکپارچه پیرو اهل بیت پیامبرند را مورد هجمه قرار دهند؛ اینان مدعی هستند که شیعه امامیه هیچ تناسب و سنخیتی با دیگر فرق اسلامی نداشته و ندارند.
بعد از رحلت پیامبر اکرم، برخی از اصحاب خلافت را از دستان بهترین فرد این امت که همگان و حتی دشمنانش به آن اقرار داشتند ربودند و چنان ضربه ای را بر پیکره دین اسلام زدند که تا به الان و شاید تا روز قیامت هم کمر بلند نکند. به‌خاطر چند صباحی حکومت کردن که در آخر پشیمانی به بار آورد.
بعد از رحلت پیامبر اسلام مسیر جانشینی حضرت از محل اصلی خود منحرف شد و خلافت به دست کسانی افتاد که شایستگی و لیاقت آن را نداشتند، چرا که خود این خلفا در آخر عمر از عملکرد خود اظهار ندامت می‌کردند که چرا چیزی که شایسته آنان نبود را به خاطر هوا و هوس دنیایی آن را تصاحب کردند.
قرآن کریم مملو از آیاتی است که در شأن اؤلیا و اصفیای الهی نازل شده است. در این میان حضرت علی (علیه‌السلام) بیشترین بهره را نسبت به امامان دیگر و حتی برخی پیامبران برده است و آیات بسیاری در شأن ایشانن نازل شده است. از آنجایی که دشمنان اهل بیت نتوانستند آنها را انکار کنند، دست به تحریف آنها زده و آیات فضائل را به نام خود زدند.
برخی با توجه به گزارش کتاب جامع التواریخ مدعی هستند که خواجه نصیر الدین طوسی، در واقعه دردناک بغداد توسط مغول دست داشته است. این در حالی است که شواهدی همچون گستاخی خلیفه به فرستاده هلاکوخان مغول، دست داشتن دیگر مسلمانان همچون ابن‌علقمی و توجه به نقل مذکور در کتاب جامع التواریخ، این ادعا را رد می‌کند.