خلافت
بعد از رحلت پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله)، بر اثر شرایط خاصی که ایجاد شده بود، حضرت امیرالمؤمنین مجبور شد به مدت 25 سال از صحنه اجتماع به طور خاصی کناره بگیرد و سکوت اختیار کند، نه در جهادی شرکت کند و نه در اجتماع به طور رسمی سخن گوید. این سکوت ظاهری به جهت حفظ وحدت مسلمین، جلوگیری از هرج و مرج و خنثی کردن خطر تجاوز دشمنان بود.
خطبه سوم نهج البلاغه که به خطبه شقشقیه معروف است، مشتمل بر شکایت امام علی (علیه‌السلام) در مورد خلافت و صبر امام در برابر از دست رفتن آن و سپس بیعت مردم با او است. آن حضرت در این خطبه می‌فرماید: به خدا سوگند! ابوبکر رداى خلافت را بر تن کرد، در حالیکه خوب مى‌دانست، من در گردش حکومت اسلامى، همچون محور سنگهاى آسیابم.
باید توجه داشت که موضوع امامت با قضیه حکومت جدا است؛ چون امامت یک منصب خداوندی است؛ ولی حکومت یکی از شئونات امامت است؛ پس هر کسی را که خداوند او را به این مقام والا نصب کند، امام است؛ چه مردم بخواهند و یا نخواهند، اراده مردم در تعین امام هیچ‌گونه نقشی ندارد؛ همان‌گونه که در تعیین پیامبر نیز نقشی ندارد.
ملا سلطان گنابادی از اقطاب فرقه دراویش گنابادی در هنگام بحث از ولایت، امامت را به ولایت معنوی و خلافت را به ریاست ظاهری تعبیر کرده و به‌صورت واضح، خلافت را حق امام علی (علیه السلام) نمی‌داند و در ابتدا می‌گوید که خلافت با پیامبر (صلی الله علیه و اله) ختم شد و سپس می‌گوید خلافت، فقط از خلفای ثلاثه برمی‌آید. این درحالی است که حضرت، خود بارها برای به دست آوردن حق خود تلاش کرد.
یکی از مروجان فرقه صوفیه گنابادی درباره مسئله خلافت در اسلام، به اظهارنظر پرداخته و معتقد است که اهل‌بیت (علیهم السلام) درباره امر خلافت، مطابق خواست مردم عمل می‌کردند و هیچ تلاش و کوششی برای به دست آوردن آن نمی‌کردند. ایشان درباره امام علی (ع) می‌گوید که حضرت نسبت به امر خلافت، کاملاً بی‌تفاوت بودند و تلاشی برای رسیدن به خلافت نداشتند و اگر 5 سال آخر عمر خویش هم به خلافت رسیدند فقط به خواست مردم بوده است.
یکی از مروجان فرقه صوفیه گنابادی مسئله خلافت را امری مردمی و نه الهی معرفی می‌کند و معتقد است که عملکرد ائمه اطهار (علیهم السلام) در خصوص مسئله خلافت، یعنی حکومت ظاهری بر مردم، تابع وضعیت مردم زمان خودشان بوده است. لذا برای اثبات این عقیده خود به جعل تاریخ متوسل می‌شود و ادعا می‌کند که حضرت علی و حضرت امام حسن و امام حسین (علیهم السلام) هیچ تلاشی برای رسیدن به خلافت انجام ندادند.
اقطاب و مشایخ فرقه صوفیه گنابادی مسئله خلافت را ریاست ظاهری و امامت را به ریاست و ولایت باطنی تعبیر کردند. یکی از مروجان این فرقه، درباره مسئله خلافت قائل به این است که خلافت همان حکومت ظاهری بر مردم و امری غیر انتصابی، بلکه امری انتخابی است که اراده مردم در تعیین و انتخاب خلیفه مؤثر و دخیل است. درحالی که این نظریه دقیقا همان نظریه اهل سنت است.
بزرگان و نظریه پردازان این فرقه، خلافت و امامت ائمه اطهار (علیهم السلام) را به دو جنبه ظاهری و باطنی تقسیم کرده و از خلافت به ریاست ظاهری و از امامت به ریاست و ولایت باطنی و معنوی تعبیر کرده‌اند. ایشان خلافت را شأن ائمه اطهار (علیهم السلام) نمی‌دانند، چراکه معتقدند که خلافت، حکومت ظاهری بر مردم و امری انتخابی است. درحالی‌که امامت، ولایت معنوی و باطنی و امری انتصابی برای دستگیری، هدایت و ارشاد نفوس انسان‌ها است.
در قرآن و احادیث نبوی حق تقدم حضرت علی (علیه‌السلام) به امر خلافت مورد تاکید قرار گرفته که بعد از رحلت پیامبر این امر مهم صورت نگرفت، حال اگر قرآن و احادیث را نادیده انگاریم، اعترافاتی که از خلیفه دوم نقل شده و خصوصیات افراد حاضر در شورای خلافت را گفته، این مهم را می‌رساند.
شرافت و بزرگی امام علی (علیه السلام) نه تنها در زمان حیات پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) و دوران متصل به آن، بلکه در ادوار پس از آن نیز برای بسیاری از عالمان و بزرگان متقن بوده و هست و بسیاری از بزرگان علمی مذاهب به این موضوع اذعان دارند.
ابن خلدون مالکی می‌نویسد: «گروهی از صحابه پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) مانند زبیر، عمار بن‌یاسرو مقداد بن‌اسود از شیعیان علی (علیه‌السلام) بودند و ایشان را سزاوارتر از دیگران به خلافت می‌دانستند.» بنابراین اتفاق و اجماع بر خلافت خلیفه اول وجود نداشت.
از دیدگاه ابن‌تیمیه مشروعیت‌بخشی در باب سیاست تنها از آن خداست و باید رضایت او در این باب جلب شود. در این راستا او حکومت پیامبر را به نص خداوند دانسته، اما در باب خلفاء بر مبنای خود خط بطلان می‌کشد.
مخالفین مذهب تشیع با بهانه‌های واهی شروع به تهمت بر علیه مذهب تشیع کرده و با دروغ و تهمتهای ناروا تلاش دارند تا این مذهب که یکپارچه پیرو اهل بیت پیامبرند را مورد هجمه قرار دهند؛ اینان مدعی هستند که شیعه امامیه هیچ تناسب و سنخیتی با دیگر فرق اسلامی نداشته و ندارند.
بعد از رحلت پیامبر اکرم، برخی از اصحاب خلافت را از دستان بهترین فرد این امت که همگان و حتی دشمنانش به آن اقرار داشتند ربودند و چنان ضربه ای را بر پیکره دین اسلام زدند که تا به الان و شاید تا روز قیامت هم کمر بلند نکند. به‌خاطر چند صباحی حکومت کردن که در آخر پشیمانی به بار آورد.