خلافت
امام علی به این دلیل که زمینه‌ای برای پذیرش عدالت در جامعه نبود، خلافت را نپذیرفت. آن حضرت می‌دانست که مردم در چنین اوضاع، عدالت او را تاب نمی‌آورند و در برابر ایشان می‌ایستند. سخنان علی (ع) در این باره به خوبی وضع جامعه آن روز را آشکار می‌کند.
در قرآن و احادیث نبوی حق تقدم حضرت علی (علیه‌السلام) به امر خلافت مورد تاکید قرار گرفته که بعد از رحلت پیامبر این امر مهم صورت نگرفت، حال اگر قرآن و احادیث را نادیده انگاریم، اعترافاتی که از خلیفه دوم نقل شده و خصوصیات افراد حاضر در شورای خلافت را گفته، این مهم را می‌رساند.
شرافت و بزرگی امام علی (علیه السلام) نه تنها در زمان حیات پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) و دوران متصل به آن، بلکه در ادوار پس از آن نیز برای بسیاری از عالمان و بزرگان متقن بوده و هست و بسیاری از بزرگان علمی مذاهب به این موضوع اذعان دارند.
ابن خلدون مالکی می‌نویسد: «گروهی از صحابه پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) مانند زبیر، عمار بن‌یاسرو مقداد بن‌اسود از شیعیان علی (علیه‌السلام) بودند و ایشان را سزاوارتر از دیگران به خلافت می‌دانستند.» بنابراین اتفاق و اجماع بر خلافت خلیفه اول وجود نداشت.
از دیدگاه ابن‌تیمیه مشروعیت‌بخشی در باب سیاست تنها از آن خداست و باید رضایت او در این باب جلب شود. در این راستا او حکومت پیامبر را به نص خداوند دانسته، اما در باب خلفاء بر مبنای خود خط بطلان می‌کشد.
مخالفین مذهب تشیع با بهانه‌های واهی شروع به تهمت بر علیه مذهب تشیع کرده و با دروغ و تهمتهای ناروا تلاش دارند تا این مذهب که یکپارچه پیرو اهل بیت پیامبرند را مورد هجمه قرار دهند؛ اینان مدعی هستند که شیعه امامیه هیچ تناسب و سنخیتی با دیگر فرق اسلامی نداشته و ندارند.
بعد از رحلت پیامبر اکرم، برخی از اصحاب خلافت را از دستان بهترین فرد این امت که همگان و حتی دشمنانش به آن اقرار داشتند ربودند و چنان ضربه ای را بر پیکره دین اسلام زدند که تا به الان و شاید تا روز قیامت هم کمر بلند نکند. به‌خاطر چند صباحی حکومت کردن که در آخر پشیمانی به بار آورد.
بعد از رحلت پیامبر اسلام مسیر جانشینی حضرت از محل اصلی خود منحرف شد و خلافت به دست کسانی افتاد که شایستگی و لیاقت آن را نداشتند، چرا که خود این خلفا در آخر عمر از عملکرد خود اظهار ندامت می‌کردند که چرا چیزی که شایسته آنان نبود را به خاطر هوا و هوس دنیایی آن را تصاحب کردند.
قرآن کریم مملو از آیاتی است که در شأن اؤلیا و اصفیای الهی نازل شده است. در این میان حضرت علی (علیه‌السلام) بیشترین بهره را نسبت به امامان دیگر و حتی برخی پیامبران برده است و آیات بسیاری در شأن ایشانن نازل شده است. از آنجایی که دشمنان اهل بیت نتوانستند آنها را انکار کنند، دست به تحریف آنها زده و آیات فضائل را به نام خود زدند.
برخی با توجه به گزارش کتاب جامع التواریخ مدعی هستند که خواجه نصیر الدین طوسی، در واقعه دردناک بغداد توسط مغول دست داشته است. این در حالی است که شواهدی همچون گستاخی خلیفه به فرستاده هلاکوخان مغول، دست داشتن دیگر مسلمانان همچون ابن‌علقمی و توجه به نقل مذکور در کتاب جامع التواریخ، این ادعا را رد می‌کند.
حاصل رجوع به کلام ابن‌تیمیه در باب شخصیت‌شناسی خواجه نصیر الدین طوسی، دست داشتن او در تخریب و تضعیف خلافت عباسیان است. در همین بحث باید گفت که خواجه خود یکی از قربانیان حمله مغولان است و کلام ابن تیمیه مبتنی بر نادیده انگاشتن هم دستی دیگر مسلمانان با مغولان است.
علاوه بر روایاتی که در منابع شیعه دلالت بر خلیفة الله بودن حضرت مهدی (علیه‌السّلام) دارد، تصریحات بسیاری از علمای اهل‌سنت نیز بر این معنا وجود دارد که آن حضرت را به عنوان دوازهمین امام و پایان‌بخش جانشینان پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) از سوی خداوند معرفی می‌کند.
علم و دانش یکی از لوازم حکومت است. امام برای حکومت بهتر بر جامعه اسلامی باید دارای علم و دانش بالا باشد و هرچه سطح دانش بیشتر باشد، اداره آن حکومت موفق‌تر خواهد بود و از آن طرف اگر سطح دانش پایین باشد، جامعه را به سقوط می‌کشاند. لذا باید عقل را قاضی قرار داد تا ببینیم بین حضرت علی و دیگر خلفا کدام را باید برای خلافت انتخاب کرد.
بینش شیعه در مساله جانشینی پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌وآله)، مبتنی بر شایسته سالاری است. این ویژگی تنها در دوازده نفر به صورت مبرهن بارز شده است که روایت «یکون بعدی اثنا عشر خلیفه» بر همین امر دلالت دارد. اما برادران اهل‌سنت از آنجا که این اندیشه را برنتافتند دست به دامان خلفای اموی شدند و دچار تناقض گشتند.