یکی از قرآنیان به نام «مصطفی طباطبایی»، معتقد است از آنجا که حضرت علی(ع) در شورای شش‌ نفره شرکت کرد، پس اعتقاد به وجود نص بر امامت آن حضرت باطل است؛ در حالی که حضرت علی(ع) برای آنکه خود را شایسته خلافت و امامت می‌دانست، لازم دید در آن جلسه شرکت کند و با استدلال، حقّانیّت خویش را به اثبات رساند؛ بنابراین اگر حضور در شورا به معنای نفی نص جلی بود، دیگر استناد به آن، در همان مجلس وجهی نداشت.

برقعی از بزرگان جریان قرآن‌بسندگی، مفسران شیعه را به دلیل تفسیر کلمه «انفسنا» و انطباق آن بر حضرت امیرالمؤمنین(ع)، متهم به غلو می‌کند؛ این در حالی است که این تفسیر توسط مفسران بزرگ اهل‌سنت نیز بیان شده است.

برقعی سعی دارد با ایجاد مغالطه در تعریف و جایگاه مقام امامت و نبوت، آیات و روایاتی را که اشاره به برتری مقام امامت بر نبوت دارد را اثبات‌‌کننده این اعتقاد نداند؛ در صورتی که هر کدام از مقام امامت و نبوت، دو مسئله جدای از یکدیگر است که هر کدام از این دو، ویژگی‌ها و تمایزات مختص به خود را دارند.

قرآنیون با تأویل و توجیه رأی مدارانه نسبت به آیات قرآن بر نفی جایگاه سنّت در شناخت دین، پای فشرده‌اند؛ این در حالی است که اطاعت مطلق و حجیت سنت قولی و غیرگفتاری پیامبر(ص) به روشنی در آیات وحی آمده است.

برقعی از بزرگان قرآن‌بسندگی، برای اثبات ادعایش دلایل مختلفی ارائه کرده است؛ ازجمله اینکه انحصار هدایت در قرآن است. وی با استناد به برخی از آیات می‌گوید: «هدایت ذکر شده در قرآن، شامل همه‌ کس می‌شود، درنتیجه تمام مردم مکلفند هدایت خود را از قرآن فراگیرند.» این در حالی است که هدایت خداوند دارای مصادیقی است که قرآن یکی از آنها و هدایت معصومان(ع) هم مصداق دیگری از آن است.

برقعی آیات مرتبط با حضرت مهدی(عج) را انکار می‌کند؛ به‌عنوان‌مثال در مورد آیه 33 سوره توبه که مفسران شیعه معتقدند مراد از رسول در این آیه، همان قائم آل محمد است را انکار کرده، می‌گوید عبارت رسوله در این آیه، مختص پیامبر(ص) است؛ در حالیکه واژه «رسول» در قرآن مجید، دارای معنای عامی است و علاوه بر پیامبران، شامل ملائکه و غیره می‌شود.