محمد اسماعیل صلاحی ادعای امامت خود را مسئله ای شخصی نمی داند و معتقد است که طبق فرهنگ، عقاید و روایات، سلسله امامت به 12 نفر ختم نمی شود و این سخن را به کتاب مکتب در فرآیند تکامل نسبت می دهد. اما این مسئله نه جزء مسلمات شیعه، بلکه جزء مسلمات برخی از فرقه های صوفیه است و مستند کردن این ادعا به نویسنده این کتاب دروغ محض است.

باید توجه داشت که موضوع امامت با قضیه حکومت جدا است؛ چون امامت یک منصب خداوندی است؛ ولی حکومت یکی از شئونات امامت است؛ پس هر کسی را که خداوند او را به این مقام والا نصب کند، امام است؛ چه مردم بخواهند و یا نخواهند، اراده مردم در تعین امام هیچ‌گونه نقشی ندارد؛ همان‌گونه که در تعیین پیامبر نیز نقشی ندارد.

با توجه به آنکه همه اقطاب صوفیه تا قرن هشتم سنی مذهب بودند، معنای اتخاذ شده از ولیّ در میان صوفیان، به برداشت اهل‌سنت نزدیک‌تر است. اما با ورود تصوف به تشیع، معنای ولایت در نزد آن‌ها نیز تا حدودی تغییر کرد و آن‌ها نمادی از جایگاه و مقام ولی منصوص و معصوم که شیعه بر مبنای قرآن و روایات به آن معتقد است را تا حدودی پذیرفته و آن را در مسلک تصوف به‌وجود آورده و نام آن را مرشد یا قطب گذاشتند.

صلاحی در شرح رساله صالحیه به تشریح ودایع الهی و علم الاسماء می‌پردازد. صلاحی این‌طور بیان می‌کند که سبب سجده فرشتگان مقرب الهی بر حضرت آدم (علیه السلام) علم الاسمائی بود که ایشان داشتند و قوای ملکوتی هرکدام از فرشتگان به‌واسطه آن علم الاسمائی است که به او آموخته شده است. صلاحی پس از بیان این مسئله ادعا می‌کند و می‌گوید ودایع الهی همین است که در سینه ما است.

وهابیان معاصر، این شبهه را مطرح کرده‌اند که امام علی (علیه‌السلام) برای طلب امامت قیام نکرد، ولی حضرت فاطمه (علیها‌السلام) برای طلب فدک خروج کرد و این نشانه وجود تعارض در رفتار آنها است؛ درحالیکه آن دو وجود سراسر نور، در رویارویی و مقابله با غاصبان خلافت، رفتار برابر و یکسانی داشته‌اند.

یکی از مروجان فرقه صوفیه گنابادی درباره مسئله خلافت در اسلام، به اظهارنظر پرداخته و معتقد است که اهل‌بیت (علیهم السلام) درباره امر خلافت، مطابق خواست مردم عمل می‌کردند و هیچ تلاش و کوششی برای به دست آوردن آن نمی‌کردند. ایشان درباره امام علی (ع) می‌گوید که حضرت نسبت به امر خلافت، کاملاً بی‌تفاوت بودند و تلاشی برای رسیدن به خلافت نداشتند و اگر 5 سال آخر عمر خویش هم به خلافت رسیدند فقط به خواست مردم بوده است.