یکی از شبهاتی که از جانب منتقدین اسلام مطرح می‌شود، شبهه جهاد با کفّار و قتل آن‌ها است، می‌گویند: اگر دین اسلام دین رحمت است چرا قرآن کریم مسلمین را به جهاد و قتال با کفّار دعوت می‌کند؟
این شبهه همانند شبهات دیگری که به دین اسلام وارد می‌کنند ناشی از عدم شناخت اینان از اسلام و عدم مطالعه کافی در رابطه با عقاید این دین مبین می‌باشد؛ اگر کسی اندک مطالعه‌ای در آیات جهاد داشته باشد به وضوح ملاحظه می‌کند که اولا: این آیات در رابطه با جهاد دفاعی است نه جهاد ابتدایی؛ ثانیا: در هیچ یک از آیات جهاد نیامده که مشرکین را به جهت مشرک بودنشان بکشید، قتل کفار منحصرا به دلیل تجاوز کفّار به سرزمین و حریم مسلمین است.
بررسی آیات جهاد نشان می‌دهد که این آیات، جهاد در برابر متجاوزین را مطرح می‌کند! در این مجال چند آیه را بررسی می‌کنیم: «قُلْ لِلَّذينَ كَفَرُوا إِنْ يَنْتَهُوا يُغْفَرْ لَهُمْ ما قَدْ سَلَفَ وَ إِنْ يَعُودُوا فَقَدْ مَضَتْ سُنَّتُ الْأَوَّلينَ * وَ قاتِلُوهُمْ حَتَّى لا تَكُونَ فِتْنَةٌ وَ يَكُونَ الدِّينُ كُلُّهُ لِلَّهِ فَإِنِ انْتَهَوْا فَإِنَّ اللَّهَ بِما يَعْمَلُونَ بَصيرٌ * وَ إِنْ تَوَلَّوْا فَاعْلَمُوا أَنَّ اللَّهَ مَوْلاكُمْ نِعْمَ الْمَوْلى‏ وَ نِعْمَ النَّصير»؛ «به آن‌ها كه كافر شدند بگو چنانچه از مخالفت باز ايستند، گذشته‌ی آن‌ها بخشوده خواهد شد؛ و اگر به اعمال سابق بازگردند، سنّت خداوند در گذشتگان، درباره‌ی آن‌ها جارى مى‏شود(و حكم نابودى آنان صادر مى‏گردد). * و با آن‌ها پيكار كنيد، تا فتنه‏ برچيده شود، و دين همه مخصوص خدا باشد! و اگر آنها خوددارى كنند، خدا به آنچه انجام مى‌‏دهند بيناست. * و اگر سرپيچى كنند، پس بدانيد که خداوند سرپرست شماست! چه سرپرست خوبى! و چه ياور خوبى!» [1]
در این آیات به وضوح پیداست که روی سخن با مشرکان مکّه و اطراف مدینه است که مدام به مسلمین حمله کرده و فتنه‌گری می‌نمودند. لذا خداوند فرمود: «و با آن‎ها پيكار كنيد، تا فتنه‏ برچيده شود، در این آیات حتّی یکبار هم نیامده که آنها را به جرم شرک بکشید؛ بلکه جرم آنها فتنه‌گری است. لذا حکم این آیات در باب کافر حربی است و عمومیّت نداشته شامل تمام کفّار و مشرکان نمی‌شود. کافر حربی هم دشمن است و حکم دشمن متجاوز آن است که کشته شود.
قران کریم در سوره بقره می فرماید: «وَ قاتِلُوا في‏ سَبيلِ اللَّهِ الَّذينَ يُقاتِلُونَكُمْ وَ لا تَعْتَدُوا إِنَّ اللَّهَ لا يُحِبُّ الْمُعْتَدين‏»؛ و در راه خدا، با كسانى كه با شما مى‏‌جنگند، بجنگيد، و [لى‏] از اندازه درنگذريد، زيرا خداوند تجاوزكاران را دوست نمى‌‏دارد.[2]
جمله «الذين يقاتلونكم» در آیه شریفه بيان ميكند كه بايد با افرادي كه جنگ را اول شروع ميكنند و عليه مسلمانان دست به اسلحه مي‌برند جنگ و جهاد نموده و در واقع بيان حكم جهاد دفاعي است كه خداوند به مسلمانان اجازه جنگ و دفاع در برابر تجاوز دشمن به آن‌ها مي‌دهد.  
نکته مهم: از منظر اسلام ناب محمّدی؛ جهاد، منحصر در جهاد با متجاوزین (جهاد اصغر) نیست؛ بلکه جهاد بالاتری به نام جهاد اکبر (مبارزه با نفس) در اسلام مطرح میباشد، ائمه معصومین (علیهم السلام) نیز جهاد اکبر را بالاترین جهاد دانسته‌اند؛ بنابراین جهادی که در آیات قران کریم مطرح شده تنها به جهاد اصغر تفسیر نمی‌گردد، بلکه با نگاهی عمیق‌تر می‌توان دریافت که خداوند در آیات مختلف انسان را به مبارزه و جهاد با نفس دعوت می‌کند که « أَعْدَى عَدُوِّكَ نَفْسُكَ الَّتِي بَيْنَ جَنْبَيْك‏» [3] بزرگ‌ترین و دشمن‌ترین دشمنِ انسان، نفس انسان است که جهاد با بزرگ‌ترین دشمن، مورد تأکید قرآن کریم می‌باشد.

منابع:
[1] انفال 40-38
[2] بقره 190
[3] بحار الأنوار، ج‏71، ص: 272