آتئیست ها با ایجاد شبهاتی پیرامون خطبه 56 نهج البلاغه، امیرمؤمنان (ع) را شخصیتی خشن و طرفدار کشتار معرفی می کنند؛ در پاسخ به شبهه آنان باید گفت، حضرت چه در صدر اسلام و چه در دوران حکومتشان، ابتدا به هدایتگری مردم می‌پرداختند؛ اما هنگامی که کفار و مشرکین و منافقین دست به اسلحه می‌شدند و هدایت آنان امری بعید می‌شد، به دفاع از مسلمانان اهتمام می‌کردند.

خدا ناباوران با ایجاد شبهه پیرامون نحوه حکومت امیرالمؤمنین (ع) ادعا می کنند که حضرت خانه جریر بن عبدالله بجلی را به خاطر مخالفتش با ایشان به آتش کشاندند. آنچه مسلّم است این است که روایت مورد استناد آتئیستها، روایتی فاقد اعتبار است و در صورت فرض، اگر حضرت این کار را کرده باشند، باید در موارد دیگر همانند فتنه جمل خانه آنان را نیز به آتش می‌کشیدند.

آتئیست ها ادعا کرده اند که عمر مبارک حضرت زهرا (س) در هنگام شهادت 38 ساله بوده و با ایجاد شبهاتی پیرامون عمر حضرت ادعا کرده اند که رسول خدا (ص) در 25 سالگی ازدواج کرده و در 26 سالگی صاحب اولاد شده است؛ اما بر اساس مستندات تاریخی و روایی اسلامی و بر اساس قول مشهور، حضرت زهرا (س) در هنگام شهادت 18 ساله بوده اند.

یکی از شبهاتی که آتئیست‌ها مطرح می‌کنند خرید و فروش زنان کرد و مشرک توسط مسلمانان است. آنان با استناد به روایت امام صادق (ع) می‌گویند شیعیان قائل به خرید و فروش آن زنان هستند و در حقیقت این روایت، همانند کار داعش با نوامیس کرد و ایزدی در عراق است.