مساله ای که بین برخی تبدیل به معرکه الآراء و محل اختلاف نظرات شده است، مشایخ و مذهب شاه نعمت الله است.

وی در یکی از رساله های خود، نسبت خرقه و مشایخ خود را چنین بیان می کند:

خرقه این فقیر نعمت الله بن عبدالله بن محمد عبدالله الحسینی از شیخ عبد الله یافعی و او از شیخ صالح بربری و او شیخ کمال الدین کوفی و او از شیخ ابوالفتوح صعیدی و او از شیخ ابی مدین مغربی و او از شیخ ابو سعید اندلسی و او از شیخ ابوالبرکات و او از شیخ ابوالفضل بغدادی و او از شیخ احمد غزالی و او از شیخ ابوبکر نساج و او از شیخ ابو عثمان مغربی و او از شیخ ابو علی کاتب و او از شیخ ابو علی رودباری و او از جنید و او از سری سقطی و او از معروف کرخی(1) و او از شیخ داوود طایی و او از شیخ حسن بصری و او امیر المومنین علیه السلام و او از محمد مصطفی صل الله علیه و آله و سلم(2).

حال سوالی که بارها از صوفیه پرسیده شده و جوابی برای آن داده نشده، این است که بقیه معصومین علیه السلام آیا از حیث جایگاه از اقطاب صوفیه پایین تر بوده اند که وی خرقه خود را از امیر المومنین گرفته و بقیه معصومین علیه السلام از باطن دین خدا خبر نداشته اند؟ یا در برخی نقلها وجود دارد که خرقه از امام رضا علیه السلام گرفته شده است که باز هم این اشکال پیش می آید و  اشکال دیگر آن که چرا در نقل قولهای مختلف سلسله مشایخ نعمت اللهیه با هم فرق دارد؟ 
مذهب شاه نعمت الله
برخی از نویسندگان صوفی مسلک بویژه آنان که در شرح حال شاه نعمت الله از عهد صوفیه تاکنون کتاب نوشته اند، جملگی بر آنند که وی پیرو مذهب تشیع بوده است مثلا رضا قلی خان هدایت در ریاض العارفین می نویسد در تشیع آن جناب کسی را مجال تردید نیست(3).
حتی برخی از نویسندگان(4) از اینکه جامی در نفحات یادی از شاه نعمت الله نکرده است چنین استنباط کرده اند که جامی به علت تعصبی که در مذهب خود داشته است، ذکری از این صوفی شیعی نکرده است(5)؛ اما با همه این اوصاف به نظر می رسد که در شیعه بودن او شک و تردید بسیار است و اگر از امام علی علیه السلام و اولاد امجاد ایشان مدحی کرده است، این دلالت بر تشیع او ندارد، بلکه تنها دلیل بر ارادت و محبت او به خاندان رسالت است.
شاهد این مطلب آن است که او در اشعار خود از خلفای راشدین به نیکی یاد کرده است و از مذهب خود که اهل تسنن باشد، به صراحت نام برده است. در میان بزرگان اهل تسنن کسانی هستند که با داشتن مذهب عامه به اهل بیت علیهم السلام نیز ارادت داشته اند؛ چنان که ابن صباغ مالکی کتابی در شرح حال ائمه علیهم السلام به نام الفصوص المهمه فی معرفه الائمه نوشته است.
نمونه ای از اشعار شاه نعمت الله ولی
ره سنی گزین که مذهب ماست.......... ورنه گم گشته ای و در خللی
رافضی کیست؟ دشمن بوبکر ............. خارجی کیست؟ دشمنان علی
هر که او جهار دارد دوست .................. امت پاک مذهب است و ولی
دوست دار صحابه ام به تمام .............. یار سنی و خصم معتزلی(6).

سوال دیگری که در مورد مذهب شاه نعمت الله به ذهن می آید آن است که ار ایشان شیعه است چرا از مشایخ سنی پیروی می کرده است؟ یا حد اقل از کسانی پیروی کرده که مشکوک به سنی بودن هستند؟ آیا کسی که قرار است مردم را دستگیری کند و در امر دین آنان را راهنمایی نماید باید از شخصی که مذهب او مشکوک است پیروی نماید؟ و دیگر اینکه چرا در اشعار خود آن چنان محکم ئ استوار از خلفای سه گانه حمابت کرده است؟ اگر این کار را با تقیه توجیه  می کنند چرا بقیه افراد در صورت تقیه این چنین واضح و آشکار از خلفا حمایت نکرده اند؟

...................................
1-ناگفته نماند که شاه نعمت الله به ارتباط با امام موسی بن جعفر علیه السلام اشاره کرده، او را دربان امام دانسته است:
باز شیخ سری بود معروف.......... چون سر او به او مکشوف
یافت در خدمت امام مجال........... بود بواب درگهش ده سال
2-حمید فرزام تحقیق در احوال شاه نعمت الله ولی صص 56- 57  
3-همان
4-علامه محمد قزوینی
5-همان ص 400
6-همان ص 592