برقعی در کتاب تضاد مفاتیح الجنان ضمن انکار بسیاری از ادعیه وارده در مورد دعای جوشن کبیر می‌نویسد: « «دعای جوشن كبير» را كفعمی در «مصباح» بدون ذكر سند آورده است که در پاسخ به آن باید گفت، دقت سندی زیاد در دعا لازم نیست؛ بلکه طبق «روايات عرضه» آنچه از اهل بیت (ع) نقل شده باشد و موافق كتاب خدا باشد، می‌توان آن را به آنان منتسب ساخت.

حیدر علی قلمداران منکر خلافت و امامت بلافصل حضرت علی (ع) بعد از رسول خدا (ص) شده و شبهه می‌کند که ممکن نیست صحابه با این همه جانفشانی، به غصب خلافت چشم دوخته، برای تصاحب آن نقشه‌ها کشیده باشند؛ که در پاسخ گفته می‌شود همه صحابه در سقیفه حضور نداشتند و برخی نیز با منتخب سقیفه به شدت به مخالفت پرداختند.

برقعی که بسیاری از عقاید شیعه را منکر شده، از جمله مسائلی که برقعی انکار کرده و از مصادیق شرک قلمداد می‌کند، مسئله توسل است؛ در حالی‌که توسل به انبياء، ائمه و صالحان (ع) يكي از باورهايي است كه تمام مسلمانان در طول تاريخ بر آن اجماع و اتفاق داشته و عملاً نيز بر اين باور پايبند بوده‌اند؛ برقعی با تأثیرپذیری از آراء محمد بن عبدالوهاب، فرياد سر داده كه هر نوع توسل به اموات شرك است.

سید ابوالفضل برقعی یکی از بزرگان جریان قرآنیون برای توجیه حمله خلیفه دوم به ایران و جهاد خواندن آن، سخن امیرمؤمنان علی (ع) را شاهدی بر مدعای خویش می‌داند؛ در پاسخ باید گفت که هر استنادی از متن خطبه به مطلبی خارج از آن، نیازمند قرینه است که به آن مستند شود که نه برقعی و نه دیگرانی که در شرح خود به آیه‌ای اشاره کرده‌اند، قرینه‌ای بر کلام خود اقامه نکرده و کلام خود را متقن نساخته‌اند.

ابوالفضل برقعی، یکی از سران جریان قرآنیون است که در میان نوشتار خود، حمله سپاه خلیفه دوم به ایران را، جهاد می‌خواند؛ اما در مقابل این ادعا، احمد صبحى منصور که خود از دل سپردگان به مکتب خلفاست، ادعایی بر خلاف مدعای برقعی دارد.

سید ابوالفضل برقعی، از روحانیون معاصر است که عمده اندیشه وی، ترکیبی از قرآن بسندگی و نفی عقاید شیعی است. وی ادعا می کند که امیرالمؤمنین (ع) در خطبه 228 نهج البلاغه خليفه دوم، عمر بن خطاب را تمجيد کرده است.