مصطفی آزمایش در دروغی آشکار به امام خمینی (ره) نسبت می‌دهد که در نظریه ولایت فقیه، ولی فقیه حدود شرعی را تعیین کرده و تابع دستورات الهی نیست؛ این درحالیست که حضرت امام در کتاب ولایت فقیه، خداوند را قانون‌گذار دانسته و رسول‌خدا(ص) و جانشینان او اعم از اهل‌بیت(ع) و فقیه جامع‌الشرائط را مجری قوانین الهی می‌داند.

امام خمینی(ره) به عنوان نماینده عرفان اسلامی در زمان معاصر در پی نقد تصوف برآمده و در کتاب‌های مختلف خویش، نماد‌های مختلف تصوف را به نقد کشیده است. «خرقه» یکی از نماد‌های متصوفه است که امام خمینی در دیوان اشعار خویش، در ابیاتی به نقد اهل خرقه پرداخته و رذائل اخلاقی همچون جهالت، ریا و فریبکاری آنها را بیان داشته است.

از آنجا که شورای نگهبان وظیفه پاسداری از اسلام و انقلاب را دارد، لذا بعد از ولی فقیه مهم‌ترین رکن از ارکان انقلاب و نظام اسلامی است. کما اینکه حضرت امام خمینی (ره) بارها در سخنان خود بر لزوم حفظ جایگاه شورای نگهبان و عدم تضعیف و تخریب شورای نگهبان تأکید کردند و به مردم و مسئولین تأکید کردند که تضعیف و توهین به شورای نگهبان امری خطرناک و شروع انحرافی است که می‌تواند زمینه ساز سقوط نظام شود.

نهضتی که امام خمینی از سال ۱۳۴۱ هـ. ش آغاز کرد و منجر به قیام مهم و تاریخی ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲ شد، تنها قیامی است که خلوص تمام داشت و به هیچ یک از عناصر فکری، سیاسی و فرهنگی وابسته نبود. قیام ۱۵ خرداد را باید قیامی دانست که در نوع خود نظیری در تاریخ معاصر نداشت..

امام خمینی در پیام‌های متعدد، مردم ایران را از خطر بهائیان آگاه ساخته و می‌فرمودند: بهائیان در صدد هستند علیه قرآن و پیغمبر شما اقدام کنند و آن‌ها جاسوس آمریکا هستند. حضرت امام، بهائی‌ها را یک حزب و نه یک مذهب معرفی کردند و فرمودند: بهائی‌ها يك حزبى هستند كه در سابق، انگلستان و حالا هم آمريكا پشتيبانى آن‌ها را مى‏‌كند.

امام خمینی (ره) همواره در بیانات خود به برادری و برابری تمام اقشار در حقوق و قانون اساسی اشاره کردند که این تساوی و برابری تأکید اسلام است. در اسلام، همه نژادها با هم برابرند؛ پس حقوق مساوی دارند و گروهی برتر از گروهی دیگر نیست، مگر به تقوا و پرهیزگاری.