آلوسی در تفسیر آلوسی خود ذیل آیه 23 سوره شوری، حدیث سفینه را این گونه نقل کرده است: «پيامبر خدا (صلى‌الله‌عليه‌وآله) فرمود: حكايت اهل بيت من در ميان شما، حكايت كشتى نوح است، كه هر كس سوارش شد نجات يافت و هر كس از آن باز ماند، نابود گشت.»
در برخی چاپها مثل نشر دارالکتب العلمیه، حدیث شریف سفینه را حذف کرده‌اند.
در ادامه مطلب، کلام آلوسی به گونه‌ای است که مشخص است این حدیث حذف شده است؛ او بعد نقل دو حدیث می‌گوید: ما محتاج به دو امر هستیم: یکی کشتی خالی از عیب که به حدیث مذکور اشاره دارد و دوم ستارگان نورانی که به روایت دوم اشاره دارد و با حذف حدیث مذکور، مطلب ناقص شده است.
تفسیر آلوسی، دار احیاء التراث، ج25، ص32.
تفسیر آلوسی، دار الکتب العلمیة، ج13، ص32.
نویسنده کتاب ردود علی شبهات السلفیه می‌نویسد: «نعمان پسر علامه آلوسی در تفسیر پدرش که تفسیر مهم و مرجعی بزرگ است، دست به تحریف زده، که اگر این تحریف را در تفسیر پدرش انجام نمی‌­داد، تفسیر آلوسی منبع و مرجع بزرگی برای مسلمانان قرار می­‌گرفت.»
مقاله: «دست‌درازی وهابیت به کتب اهل‌سنت»