بخاری در صحیح خود، حتی یک حدیث هم از امام جعفر صادق (علیه‌السلام) نقل نکرده است؛ شاید برخی توجیه کنند و بگویند: بخاری در روایت نکردن از امام صادق، تعمد نداشته و این امر اتفاقی بوده و شاید غفلت کرده است؛ درحالیکه ابن تیمیه می‌نویسد:
از ائمه چهارگانه (منظور چهار امام اهل سنت یعنی: ابوحنیفه، مالک بن أنس، محمد بن ادریس شافعی و احمد بن حنبل) احدی نبود که از قواعد فقه، از جعفر بن محمد چیزی بیاموزد، اما از او (یعنی امام جعفر صادق) احادیث نقل کرده‌اند، و قطعاً بخاری از نقل کردن احادیث او (یعنی امام جعفر صادق)، خوف و ترس داشت! (او با علم به روایات جعفر بن محمد و مقام و منزلت ایشان، از روایت کردن از ایشان روی گردانده است؛ چون) سخنانی از یحیی بن سعید الْقَطَّان در مورد جعفر بن محمد، به بخاری رسیده بود. از این رو، بخاری از وی حدیث روایت نمی‌کند.
منهاج السنه، ابن تیمیه، ج7، ص534.
مقاله: «بخاری و رفتارش در قبال اهل بیت»