علامه جعفری ازجمله اندیشمندان و متفکران معاصری بود که انتقادات جدی به مکتب وحدت وجود داشت. وی در کتاب مبدأ أعلی با دلایلی به نقد وحدت وجود پرداخته و مکتب وحدت وجود را مخالف روش انبیاء میداند. وی معتقد است که اختلاف عقائد در عالم بشریت برای این مکتب نامفهوم است.