از جمله اهداف مهم برای مطالعات و تحقیقات اسلام شناسی در اسرائیل، شناخت مسائل و موضوعات اختلافی میان فرقه‌ها و نحله‌های اسلامی و استفاده از آن‌ها در راستای ایجاد تفرقه میان پیروان این فرقه‌ها و نحله‌هاست.