پاسخ به شبهات
اشکال کرده‌اند که چون امامت از امام حسن(ع) به امام حسین(ع) رسیده و پس از امام سجاد(ع) به صورت موروثی ادامه پیدا کرده، این سلسله امامت ساختگی است؛ در پاسخ گفته می‌شود که این ایراد، ساختگی بودن را نمی‌رساند؛ بلکه امام بعدی از طرف خداوند مشخص می‌شود و او همان کسی که عصمت و علم لدنی به او عطا شده است. از این‌رو حتی در بین بنی‌هاشم عده‌ای که ادعای امامت کردند، چون علم خدادادی نداشتند مورد پذیرش شیعه واقع نشدند.
شبهه کرده‌اند که چرا امام حسین(ع) در ماه حرام جنگید؛ در پاسخ گفته می‌شود که قیام امام حسین(ع)، عدم بیعت با یزید و نهی از منکر نسبت به حاکمی بود که مشروعیت حکومت بر مسلمانان نداشت؛ همچنین امام به قصد جنگ از مکه به کربلا نرفتند. احترام ماه حرام نیز در برابر کسانی است که آن را محترم بشمارند.
برخی از دشمنان با اشاره به اختلاف مسلمان‌ها در مهمترین مسئله دین اسلام یعنی نماز، نمازی که حدود 40 هزار بار توسط پیامبر (ص) خوانده شده، بطلان اسلام را نتیجه گرفته‌اند. این در حالیست که اختلاف در ادیان، دلایلی دارد و صرف تفاوت داشتن، دلیل بر بطلان نیست؛ چرا که روش درست، تنها در یکی از فرقه‌های منشعب از دین، یافت می‌شود.
مخالفین اسلام با قواعد علمی به ستیز با معجزات پیامبران می‌پردازند، ازجمله ردالشمس را مخالف طبیعت دانسته و اثرات مخربی را مترتب بر آن می‌دانند. در پاسخ گفته می‌شود معجزه خلاف قوانین عادی است که برای راستی آزمایی پیامبر ارائه می‌گردد. می‌توان احتمالاتی بر امکان این معجزه نیز مطرح کرد که اثرات مخربی نداشته باشد.
حجاب یکی از ارکان مهم اعتقادی و اجتماعی مسلمانان محسوب می‌شود که حفظ آن از وظایف اسلامی شمرده شده است. خداناباوران با ادعای کشف حجاب از سوی حضرت زهرا(س) مدعی شده‌اند که برای شکایت می‌توان از این روش استفاده کرد؛ درحالی‌که منابع معتبر اسلامی به پریشان کردن موی سر حضرت زهرا(س) در حجره رسول خدا(ص) به دور از چشم از نامحرمان اشاره می‌کنند که این امر، صرف یک تهدید بوده و اجرا نشده است.
زیارت برای بشر، موضوعی فطری و درونی است که به طور طبیعی در زندگی وی ظهور و بروز می یابد. انسان با زیارت، دیداری مشتاقانه و آمیخته با احترام نسبت به پیشوایان دینی و رجال خدمتگزار سیاسی و اجتماعی، انجام داده و زیارت را نوعی بزرگداشت آنان می‌داند.
با توجه به اسناد معتبر قرآنی و روایی، پیامبر (ص) قبل از آنکه از دنیا بروند، حکومت را به امیرالمؤمنین (ع) تحویل دادند و ایشان را به عنوان جانشین و وصی خود منصوب کردند. در آیه 55 سوره مائده، خدای رحمان به ولایت خود و پیامبر(ص) و امیرالمؤمنین (ع) بر سایر مسلمانان اشاره کرده و این ولایت دلالت بر امر و نهی دارد که از ویژگی‌های حاکم است.
عده‌ای با ایجاد شبهه پیرامون ازدواج‌های رسول خدا (ص)، مدعی شده‌اند، چرا حضرت با عایشه که هشت‌ساله بوده، ازدواج کرده‌اند؟ همچنین چرا ایشان با آنکه همسران متعدد داشتند، با کنیزان خود ازدواج کرده‌اند؟ در پاسخ باید گفت؛ بر اساس مستندات تاریخی، عایشه در هنگام ازدواج نوزده‌ساله بوده و ازدواج با کنیز نیز برای تکریم مقام انسانیت بوده است.
دشمنان اسلام بر پایه روایتی جعلی که گزارشی از ابتدای نزول و بعثت رسول خدا (ص) است و در آن آمده است که حضرت در پاسخ جبرئیل که گفت، بخوان، فرمود بلد نیستم! و این نقل را دلیلی برای خرافی بودن دین اسلام دانسته که در پاسخ می‌توان گفت، اصل استدلال آن‌ها بر پایه حدیثی ساختگی است و اعتباری ندارد؛ در روایات و تفاسیر شیعه آمده که وقتی جبرئیل گفت: اى محمد! بخوان. پیامبر پاسخ داد، چه بخوانم؛ گفت: (اقْرَأْ بِاسْمِ رَبِّكَ الَّذِي خَلَقَ ...)
رسالت الهی پیامبر خاتم (ص) و امامت و جانشینی و وصایت امیرالمؤمنین (ع) از حقایق شاخص در میان سایر ادیان الهی است که همواره دشمنان خدا با ایجاد شبهاتی در این باره، قصد تخریب آن را داشته‌اند؛ اما کتب آسمانی انبیاء الهی و معجزات پیامبر خاتم (ص) این واقعیت را به اثبات می‌رساند.
لقب امیرالمؤمنین طبق نظر شیعه، از القاب خاص حضرت علی (ع) است و فرد دیگری حتی سایر ائمه (ع) را به این لقب نمی‌خوانند. برخی علمای اهل سنت نیز این لقب را برای حضرت به کار برده و در آثار خود، ایشان را به این لقب خوانده‌اند ولی مانند شیعه انحصار آن را در مورد شخص حضرت علی (ع) نمی‌دانند.
آیات قرآن کریم بیانگر این است که شب قدر در ماه رمضان قرار دارد؛ اما اینکه شب قدر در کدامیک از شب‌های این ماه قرار دارد، در قرآن کریم به آن تصریح نشده است و روایاتی كه از اهل‌بیت (ع) در خصوص تعیین شب قدر نقل شده، را می‌توان به پنج دسته تقسیم کرد.
اميرالمؤمنین (ع)، راهى جز جنگ و پيكار با معاویه نداشت، زیرا ابقای او را جایز نمی‌دانست و تسليم شدن و واگذار کردن تدبیر امور جامعه اسلامى به فردى نالایق و مخالف سنت نبوی سبب انحراف مردم از اسلام و ایجاد حكومت أموى و سفيانى و زنده شدن ارزش‌هاى جاهلی مى‌شد؛ اميرالمؤمنین (ع) به وظیفه خود عمل کرد و در اسلام حکومت کردن هدف نیست و بنا نیست که حکومت به هر وسیله‌ای حفظ شود.
باور به مهدویت و اندیشه ظهور حضرت مهدی (عج) بخش مهمی از عقاید اسلامی به حساب می‌آید که بر اساس بشارت‌های پیامبر خدا (ص) میان تمام فرقه‌ها و مذاهب اسلامی شکل گرفته است؛ احادیث مربوط به حضرت مهدی (عج) در بسیاری از کتاب‌های معروف اهل سنت نیز آمده است.