پاسخ به شبهات
برخی به جهت اینکه اثبات کنند که حضرت زهرا سلام‌الله‌علیها از ازدواج با علی بن ابی‌طالب علیه‌السلام ناراضی بود، به روایتی که در آن آمده حضرت گریه می‌کرد، تمسک کرده‌اند؛ اما تنها شاهد این شبهه همین گریه کردن است که امری طبیعی برای دختری است که بناست از خانواده خود جدا شود.
برخی از مخالفین اسلام با انتخاب گزینشی از بعضی نقل‌های اختلافی از زندگی پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله، طلاق‌هایی را به حضرت نسبت داده‌اند و به گونه‌ای آن را مطرح کرده‌اند که اتهامی متوجه حضرت می‌شود که از آن مبرا است؛ از برخی آیات قرآن، جواز استفاده پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله از حق طلاق استفاده می‌شود.
در رسانه‌ها شبهه کرده‌اند کسانی که به خدا اعتقاد ندارند، به دیگران کمک می‌کنند، ولی معتقدین به خداوند، به امید خدا بوده و کاری نمی‌کنند؛ درباره این شبهه می‌توان گفت که اعتقاد به خداوند به هیچ وجه، مانع کمک به دیگران نشده، بلکه در آیات و روایات نیکی به مردم، سفارش ویژه‌ای شده که به تناسب موقعیت، درآمد و جایگاه اجتماعی فرد، مورد انتظار است. در معارف دینی، غالباً عمل صالح در کنار ایمان ذکر شده و ضروری است.
برخی مخالفین اسلام، از بعضی کتب تاریخی نقل کرده‌اند که پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله، پس از پیر شدن یکی از همسران خود، او را طلاق داد؛ او درخواست بازگشت کرد و حق هم‌خوابی خود را بخشید؛ در این باره باید گفت، گزارشات مختلف است و معلوم نیست که حضرت قصد طلاق داشت یا سوده گمان کرد که حضرت قصد دارد و گمان اینکه این طلاق به خاطر موضوع غریزه جنسی بوده، با اخلاق حضرت و نیز منابع تاریخی منافات دارد.
قسمتی از تاریخ که نقل‌های متفاوت درباره آن وجود دارد، توسط مخالفان دین با تقطیع بیان شده و به گونه‌ای جلوه داده‌اند که در اسلام، زمانی که توان مقابله نیست، مدارا صورت می‌پذیرد و با قدرت گرفتن، به جنایات فجیع دست می‌زنند. جهت روشن شدن مسئله، باید همان نقلی که به آن استدلال شده را بدون تقطیع بررسی کنیم تا مشخص شود که آیا چنین نسبتی به اسلام صحیح است؟
برخی از مخالفان اسلام با اعتقادات مسلمانان، به صورت مزاح شبهه می‌کنند و به دلیل علم اندک ما به معارف اسلامی، ممکن است این شبهات تأثیرگذار باشد. ازجمله آن شبهات، مطالبی است که درباره ملائک مقرب خداوند مطرح می‌کنند؛ مثلاً تصور ما این بوده که اسرافیل، فقط مأمور دمیدن صور، هنگام پایان یافتن دنیا و برپایی قیامت است که تصور اشتباهی است.
برخی مخالفین از یک روایت کتب شیعه، استدلال کرده‌اند که حضرت زهرا سلام‌الله‌علیها امیرالمؤمنین علیه‌السلام را هم‌کفو خود نمی‌دانستند و به پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله گله کردند که شوهر من فقیر است؛ اهل فن این روایت را معتبر نمی‌دانند، ولی اگر بپذیریم، طبق نقل‌های دیگر گله به علت سرزنش زنان عرب بوده است.
برای نقض اسلام و قرآن، اشکال کرده‌اند که اولین یار پیامبر (ص) و کاتب وحی، شک کرد و مرتد شد؛ در پاسخ می‌گوییم مشخص نیست وی چه وقتی مسلمان شده و معلوم است که حداقل 15 سال پس از رسالت پیامبر (ص) مشرک بوده است؛ وی ادعای آوردن همانند قرآن داشت و آیه‌ای علیه وی نازل شد و از مدینه گریخت؛ ارتداد چنین شخصی، ضربه‌ای به حقانیت اسلام نمی‌زند.
کلیپی از برداشت شخصی یک بانوی مسلمان، در صفحات مجازی مخالفین اسلام پخش شده است و آنان کلیپ را در کنار چند کامنت که آن سخن را مسخره کرده بودند، منتشر کرده و نتیجه گرفتند که هر کاری انجام دهید، نمی‌توانید با مرگ ادیان مقابله کنید؛ در پاسخ می‌گوییم، نه گوینده کارشناس دینی بوده، نه اصل مطلب ضدیت با عقل دارد و نه این مطلب، تمام دین است.
آتئیست‌ها با مسخره کردن اعتقاد متدینین، می‌گویند اگر دین بر علم برتری دارد، در زمان مریضی نزد دکتر نروید بلکه به معابد و زیارت‌گاه‌ها بروید. باید به آنان گفت که فرد متدین در زمان مریضی، نزد پزشک رفته و در ضمن، صدقه هم می‌دهد و با دعا کردن، از خداوند درخواست شفا می‌کند؛ قرار نیست دعا و توسل، جای دارو و درمان را بگیرد.
آتئیست‌ها برای اینکه اسلام را مخالف عقل جلوه دهند، ابتدا سفارش می‌کنند که قبل از پذیرش دین، عقل خود را به کار گیرید، سپس با نقل یکی از معارف دینی، سعی می‌کنند اینگونه جلوه دهند که آن مطلب مخالف عقل است؛ در حالی که سفارش شده است که اصول دین حتماً با تحقیق و یقین پذیرفته شود و معاد یکی از اصولی است که قبل از مسلمان شدن باید با عقل آن را بپذیریم.
آتئیست‌ها در فضای مجازی، کلیپی پخش کردند که خطیبی روایات مورد پذیرش عقل را نقل کرده است؛ پس از آن تیتر زده‌اند «آخوندها روز قیامت، از مردم شکایت می‌کنند» و به این طریق، قصد تمسخر این سخن را داشته و اینگونه وانمود می‌کنند که این کلام ردیه نمی‌خواهد، بلکه با شنیدن آن، خود متوجه باطل بودنش می‌شوید؛ در حالی که مضمون این حدیث در قرآن آمده و مطلب مورد قبول عقلا است.
شیوه عبادت ادیان مختلف، توسط آتئیست‌ها مورد تمسخر واقع شده است؛ باید گفت که این کار به دلیل درک نکردن خداوند و لزوم پرستش است که در هر طریقه‌ای با آداب خاصی انجام می‌شود. هیچ تمدنی، خالی از نشانه‌های پرستش نیست و میل به پرستش موجودی برتر، یکی از گرایش‌های عالی و روحی انسان‌ها است.
برخی گفته‌اند که پیامبر (ص) سفارش به صبر کرده بود؛ چرا امیرالمؤمنین (ع) از ابتدا بیعت نکرد تا جان حضرت زهرا (س) نیز به خطر نیفتد؛ پاسخ این است که سفارش حضرت، عدم قیام بود و بیعت نکردن امیرالمؤمنین(ع) پس از استقرار حکومت، برای آنان اهمیتی نداشت؛ اهمیت یافتن بیعت حضرت، دفعی اتفاق افتاد و گمان می‌شد بدون بیعت، مشکلی رخ نمی‌دهد.