پاسخ به شبهات
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند 800 نفر از مردان یهودی را گردن بزند، فقط برای اینكه آنها قبول نكردند كه رهبر آنها شود و او پیامبر خدا باشد! یکی از پاسخ‌هایی که در رد این دلیل گفته می‌شود این است که بر فرض پذیرش اقوال غیرمعتبر، به علت خیانت قبیله بنی‌قریظه در زمان حساس، عقوبت آنان کاری عقلایی، شرعی و عرفی و بر طبق حکم یهود بوده است.
مخالفین اسلام داستانی به امام هادی(ع) نسبت دادند که در مناظره‌ای درماند و دستور قتل شبانه آن فرد را صادر کرد؛ این قضیه سندیت ندارد. درباره محتوای مناظره نیز باید گفت ممکن نیست انسان در زندگی روزمره از غیر خدا استعانت نکند، پس حتماً منظور از استعانت نجستن از غیرخدا، استعانت همراه با عقیده به استقلال در سببیت است.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند با زنان و كنیزان بسیاری هم‌خوابگی داشته باشد و پیامبر خدا باشد! در این دلیل، مفهوم زندگی و ازدواج در ارضای تمایلات جنسی منحصر شده، در حالی که با بررسی تاریخ، مشخص می‌شود که ازدواج‌های پیامبر(ص) از روی مصلحت سیاسی، اجتماعی و فرهنگی بود و کیفیت ازدواج‌ها به گونه‌ای بود که نشانی از هوسرانی در آن نیست.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند 800 نفر از مردان یهودی را گردن بزند، فقط برای اینكه آنها قبول نكردند كه رهبر آنها شود و او پیامبر خدا باشد! یکی از پاسخ‌هایی که در رد این دلیل گفته می‌شود این است که کشتن این تعداد در یک جنگ با سیره پیامبر(ص) در تضاد است و ممکن است توسط مخالفین قبیله اوس ساخته شده باشد. در برخی از قسمت‌های این نقل نیز محال عقلی وجود دارد.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند برای تأمین نیاز جامعه مذهبی و سیاسی خود، دست به غارت كاروان‌های تجاری بزند و پیامبر خدا باشد! در پاسخ می‌گوییم منظور یکی از جنگ‌های پیامبر(ص) به نام بدر بوده که واقعیت آن توسط شبهه کننده دیده نشده است.
مخالفین اسلام با کنار هم گذاردن دو آیه، حکم کرده‌اند که اسلام دین خشونت است؛ زیرا معتقد است که هر که میل به دنیا کند کافر است و کافر را باید کشت. در پاسخ به این استدلال باید گفت که با بیان دو آیه و برداشت نابجا از آن، نمی‌توان به اسلام و ادیان الهی نسبت خشونت داد؛ این برداشت توسط پیامبر(ص) از این آیات نشده است.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند با 50 سال سن، با دختر بچه 9 ساله، رابطه جنسی داشته باشد و پیامبر خدا باشد! در پاسخ می‌گوییم که باید شرایط زمان و مکان وقوع این کار در نظر گرفته شود؛ همچنین این اتفاق نیفتاده و داستان مطرح شده دروغ است.
خداناباوران به ادیان الهی اتهام خشونت می‌زنند و با آوردن نمونه‌ای مثل توبه قوم بنی‌اسرائیل با کشتن یکیدگر، آن را از پیامبر الهی بعید می‌شمرند؛ در حالی‌که این واقعه و دستور، از جهت منطقی لازم بود و نمی‌توان ادیان الهی را با یک اتفاق، به خشونت متهم کرد. اگر در داستان قوم بنی‌اسرائیل دقت شود، ملاحظه می‌گردد که چقدر حضرت موسی(ع) برای آنان رحمت و گره‌گشا بود.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند، شخصی از رهبران یهودی را در حد مرگ شكنجه دهد و او را بكشد و در همان شب با زن ۱۷ ساله او ازدواج كند و پیامبر خدا باشد! در پاسخ گفته می‌شود که پیامبر(ص) با صفیه، بعد از تحقق شرایط کنیزها بود و پس از گذشت عده کنیز که با عده طلاق و عده وفات تفاوت می‌کند، صورت گرفت.
اشکال کرده‌اند که چون امامت از امام حسن(ع) به امام حسین(ع) رسیده و پس از امام سجاد(ع) به صورت موروثی ادامه پیدا کرده، این سلسله امامت ساختگی است؛ در پاسخ گفته می‌شود که این ایراد، ساختگی بودن را نمی‌رساند؛ بلکه امام بعدی از طرف خداوند مشخص می‌شود و او همان کسی که عصمت و علم لدنی به او عطا شده است. از این‌رو حتی در بین بنی‌هاشم عده‌ای که ادعای امامت کردند، چون علم خدادادی نداشتند مورد پذیرش شیعه واقع نشدند.
شبهه کرده‌اند که چرا امام حسین(ع) در ماه حرام جنگید؛ در پاسخ گفته می‌شود که قیام امام حسین(ع)، عدم بیعت با یزید و نهی از منکر نسبت به حاکمی بود که مشروعیت حکومت بر مسلمانان نداشت؛ همچنین امام به قصد جنگ از مکه به کربلا نرفتند. احترام ماه حرام نیز در برابر کسانی است که آن را محترم بشمارند.
برخی از دشمنان با اشاره به اختلاف مسلمان‌ها در مهمترین مسئله دین اسلام یعنی نماز، نمازی که حدود 40 هزار بار توسط پیامبر (ص) خوانده شده، بطلان اسلام را نتیجه گرفته‌اند. این در حالیست که اختلاف در ادیان، دلایلی دارد و صرف تفاوت داشتن، دلیل بر بطلان نیست؛ چرا که روش درست، تنها در یکی از فرقه‌های منشعب از دین، یافت می‌شود.
مخالفین اسلام با قواعد علمی به ستیز با معجزات پیامبران می‌پردازند، ازجمله ردالشمس را مخالف طبیعت دانسته و اثرات مخربی را مترتب بر آن می‌دانند. در پاسخ گفته می‌شود معجزه خلاف قوانین عادی است که برای راستی آزمایی پیامبر ارائه می‌گردد. می‌توان احتمالاتی بر امکان این معجزه نیز مطرح کرد که اثرات مخربی نداشته باشد.
حجاب یکی از ارکان مهم اعتقادی و اجتماعی مسلمانان محسوب می‌شود که حفظ آن از وظایف اسلامی شمرده شده است. خداناباوران با ادعای کشف حجاب از سوی حضرت زهرا(س) مدعی شده‌اند که برای شکایت می‌توان از این روش استفاده کرد؛ درحالی‌که منابع معتبر اسلامی به پریشان کردن موی سر حضرت زهرا(س) در حجره رسول خدا(ص) به دور از چشم از نامحرمان اشاره می‌کنند که این امر، صرف یک تهدید بوده و اجرا نشده است.