پاسخ به شبهات
برخی گفته‌اند که پیامبر (ص) سفارش به صبر کرده بود؛ چرا امیرالمؤمنین (ع) از ابتدا بیعت نکرد تا جان حضرت زهرا (س) نیز به خطر نیفتد؛ پاسخ این است که سفارش حضرت، عدم قیام بود و بیعت نکردن امیرالمؤمنین(ع) پس از استقرار حکومت، برای آنان اهمیتی نداشت؛ اهمیت یافتن بیعت حضرت، دفعی اتفاق افتاد و گمان می‌شد بدون بیعت، مشکلی رخ نمی‌دهد.
علت اصلی دفن شبانه حضرت زهرا(س)، ابراز نارضایتی نسبت به غاصبان خلافت امیرالمؤمنین(ع) بود؛ اما برخی برای اینکه این نارضایتی را بپوشانند، علت وصیت به دفن شبانه را عفت و حیای شدید حضرت بیان کرده‌اند که با قرائن موجود می‌توان آن را نفی کرد.
مخالفان اسلام شبهه کرده‌اند که ازدواج موفق و تاریخی حضرت زهرا(س) و امیرالمؤمنین(ع) در سن کودکی حضرت واقع شده و این ازدواج می‌تواند مشکلاتی از قبیل عدم توانایی جسمی، عدم آمادگی روانی، عدم توانایی مدیریت زندگی و عدم بلوغ در همه ابعاد را به دنبال داشته باشد که تاریخ خلاف آن را در مورد زندگی حضرت زهرا(س) ثبت کرده است و طبق عرف آن زمان مشکلی در این ازدواج نبوده است.
برخی روایات شیعه با کلماتی بیان شده که از ظاهر آن، تجسیم و جسمانیت خداوند برداشت شده است؛ در توضیح آن گفته می‌شود، شیعه معتقد به عدم جسمانیت و مرئی بودن خداست و هر چه با آن منافات داشته باشد، باید تأویل گردد؛ رواياتی که در آن معرفت به خداوند محال خوانده شده، بر رؤيت با چشم ظاهر و روایاتی که وصول و لقاء خدا را ممکن دانسته، بايد بر رؤيت قلبی حمل گردند.
برخی روایات شیعه درباره زیارت امام حسین(ع) و عرضه اعمال بندگان، با کلماتی بیان شده است که از آن تجسیم و مکان داشتن برای خدا برداشت شده است؛ در توضیح آن گفته می‌شود، شیعه معتقد به عدم جسمانیت و مرئی بودن خداست و هر چه با آن منافات داشته باشد، باید تأویل گردد.
دشمنان شیعه به حدیثی از فروع کافی ایراد گرفته‌اند و برای قبولاندن به مخاطبانشان، در معنای روایت تحریف کردند. اگر به درستی معنا شود، هیچ قبحی در این گزارش وجود ندارد، بلکه مسئله‌ای منطبق بر علم و دین است. آراستگی برای همسر در معارف دینی تأکید شده و روانشناسان نیز رعایت آن را لازم می‌دانند.
در انتقاد به منابع حدیثی شیعه برای اثبات بطلان این مذهب، روایتی از شیخ صدوق را می‌آورند و ادعا می‌کنند قاتل امام رضا(ع) راوی آن است و آن حدیث را پذیرفته‌اند؛ در حالی که از یک روایت برداشت می‌شود شخص مذکور ممدوح باشد؛ نهایتاً اگر طبق برداشت برخی علما، وی را ضعیف بدانیم، مانند حدیث ضعیف با آن برخورد می‌کنیم.
به شیعه اتهام می‌زنند که آنان امیرالمؤمنین(ع) را خدا می‌دانند و برای اثبات آن به تفسیر یک آیه مثال می‌زنند؛ در پاسخ گفته می‌شود تأویل یک آیه غیر از معنای ظاهری آیه است و در آیه مذکور، کلمه رب، بر حضرت تأویل شده است که از نظر لغوی مانعی ندارد. لفظ مختص خداوند «رب» است اگر مطلق و به تنهایی بیاید و بر «رب» مضاف، معانی غیر خدا نیز اطلاق می‌گردد.
زنی از امام صادق(ع) درباره دوستی خلفا سؤال پرسید و حضرت به دوست داشتن آنها امر کرد؛ اما تقیه‌ای بودن این حدیث، از ادامه آن مشخص می‌شود. مخالفین ادعا دارند که این روایت تقیه‌ای نیست، در حالی که اگر روایت به طور کامل بررسی شود، مشخص خواهد شد که امام خود به این امر (دوستی شیخین) معتقد نیست.
شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند برای ایجاد امپراطوری خود، مردانی را با وعده بهشت تحریک كند و آنان بجنگند و خود شاهد كشته شدن آنها بوده و پیامبر خدا باشد! در پاسخ باید گفت با دقت در تاریخ صدر اسلام مشخص می‌گردد که پیامبر(ص) تدبیر می‌کردند تا حد امکان جنگی صورت نپذیرد و در صورت وقوع جنگ، از دو طرف، کمترین کشته داده شود.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند، گردن شخصی را قطع كند، فقط برای اینكه آن زن باعث فراری دادن شدن شترهایش شد و او پیامبر خدا باشد! این استدلال، دروغ است و زنی به این دلیل به قتل نرسیده؛ مردی در زمان هجرت پیامبر(ص) بوده که مَرکب دختران حضرت را رم داده و منجر به سقط جنین و فوت ناشی از این افتادن شده که در فتح مکه، به سزایش رسیده است.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند زنی را ترور كند، فقط برای اینكه آن زن انتقادی از پیامبر خدا داشته است! این استدلال نیز از افراد غیرموثق و در روایات ضعیف نقل شده است و علمای جرح و تعدیل اهل‌سنت، آن را ضعیف و باطل دانسته‌اند.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند، به پیروان خود اجازه دهد تا با بردگان و زنان اسیر شده در جنگ، رابطه جنسی داشته باشند و او پیامبر خدا باشد! با این استدلال قصد دارند اسلام را برای بهره‌مندی از بردگان، بی‌ضابطه جلوه دهند که دروغ است و بهره‌مندی از غلام برای صاحب مرد او وجود ندارد و بهره‌مندی از کنیز، شرایط خاصی دارد.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند فرزند خود را تشویق به ترک همسرش كند و خود (پدر) با همسر پسرش ازدواج كند و پیامبر خدا باشد! در پاسخ گفته می‌شود که زید فرزند پیامبر(ص) نبود بلکه فرزندخوانده حضرت بود؛ تشویق به طلاق نکرد، بلکه سفارش به عدم متارکه و تقوا پیشگی کرد؛ در نهایت فرمان خدا که ازدواج با زینب بود را عمل کرد.