با توجه به نفرت عمومی از بهائیت، رژیم شاهنشاهی در برخورد با این فرقه، جانب احتیاط را رعایت می‌کرد. چراکه از یک‌سو پست‌های حساس را در اختیارش می‌نهاد و از سویی دیگر در ظاهر، آن را به رسمیت نمی‌شناخت. اما پس از پیروزی انقلاب اسلامی در ایران، با توجه به ماهیت جاسوسی و ضددینی بهائیت؛ در سال 1362، این فرقه علناً غیرقانونی و منحل اعلام شد.

جریان انقلابی به رهبری امام خمینی (ره) در مبارزه‌ی خود با بهائیت، سه مشخصه را دنبال می‌کرد: 1. این جریان در اصل به دنبال مبارزه با استعمار بود و از این طریق مبارزه‌ی با بهائیت را به پیش می‌برد. 2. این جریان بهائیت را بیشتر به چشم یک حزب و نه فرقه‌ی مذهبی می‌دید. 3. این جریان به دنبال افشای ابعاد عملکرد بهائیت در زمینه‌های گوناگون بود.

پس از تهاجم رژیم پهلوی به مدرسه‌ی فیضیه و طالبیه در قم و تبریز و سخنرانی و بازداشت امام خمینی (ره)؛ قیام 15 خرداد 1342، بر علیه رژیم پهلوی شکل گرفت. رژیم شاه برای تسلط بر اوضاع، حدود 5000 نفر از مردم معترض را به خاک و خون کشید. اما جالب آن‌که تشکیلات بهائیت در اقدامی بی‌شرمانه، به ستایش سرکوب‌گران وحشی رژیم، برای کشتار مردم پرداخت!

پس از پیروزی انقلاب اسلامی، تشکیلات بهائیت در ایران با جدی‌ترین بحران حیات خود روبه‌رو شد. نماینده‌ی محفل بهائیان ایران، با مراجعه‌ی مستمر خود به سفارت آمریکا، تقاضای حمایت برای بهائیت می‌کرد. امام خمینی (ره) در ابتدا، با توقیف اموال بزرگ مافیای بهائیت نشان داد در برخود با خائنان جدی و در عین حال مخالف تعرض به سایر بهائیان است.

فرقه‌ی بهائیت، ورود و کارشکنی خود را در عرصه‌ی فعالیت‌های سیاسی ایران، از سال 86 و با شروع انتخابات مجلس شوری اسلامی آغاز نمود. این فعالیت‌ها، پس از انتخابات سال 88 ریاست جمهوری، برای ساقط نمودن نظام اسلامی ایران، رنگ تازه‌ای به خود گرفت و کینه‌های رهبران این فرقه نسبت به نظام اسلامی سرباز کرد و به حرمت‌شکنی روز عاشورا منجر شد.

از جمله تعالیم فرقه‌ی بهائیت که مورد استفاده‌ی ابزاری و موردی قرار می‌گیرد؛ عدم مداخله در سیاست است. بطور مثال در انقلاب اسلامی سال 57 در ایران، نهاد رهبری بیت‌العدل از مردم ایران، درخواست عدم همراهی با آزادی‌خواهان دارد، اما در فتنه‌ی 88 به مردم توصیه‌ی ظلم‌ستیزی و بی‌تفاوت نبودن به وضعیت کشور توصیه می‌شود.