آتئیست ها با بیان روایت تاریخی که سند معتبری ندارد ادعا کرده اند امیرالمؤمنین (ع) به دلیل آنکه حنظلة بن ربیعه با ایشان به مخالفت برخاست، خانه اش را به آنش کشیدند. این ادعا در حالی مطرح می‌شود که در منابع تاریخی، به نفاق حنظله و عثمانی گری او اشاره شده است. می‌توان گفت، با مشاهده سیره امیرالمؤمنین (ع) مشخص می‌گردد، حضرت هیچگاه خانه مخالفین خود را به آتش نکشیدند.

بعضی از دشمنان شیعه با ایجاد شبهه پیرامون شخصیت امیرالمؤمنین (ع) ادعا می کنند که حضرت خانه جریر بن عبدالله بجلی را به خاطر مخالفتش با ایشان به آتش کشید و این کار به نوعی زیر پا گذاشتن حقوق شهروندی توسط حضرت است. آنچه مسلم است، استناد آتئیستها به روایت تاریخی ضعیفی است که راویان آن نزد شیعه و اهل سنت هیچ جایگاهی ندارند و در نهایت این روایت تاریخی فاقد اعتبار است.

نوروز جایگاه خاصی در میان اعیاد اسلامی ندارد، اما به خاطر برخی روایات، دارای ویژگی‌های خاص شناخته شده و مورد پذیرش برخی اقوام و ملل مختلف، قرار گرفته است. ازجمله روایات، این است: معلی از امام صادق نقل می‌کند که در روز نوروزی چندین ویژگی از نوروز برایم بیان فرمود.

مهدویت و انتظار مهدی موعود (عجّل الله تعالی فرجه الشریف) امری مشترک در میان مذاهب اسلامی است و مسلمانان از هر مذهب و فرقه‌ای، منتظر آمدن حضرتش و تشکیل دولت الهی او هستند. امامت حضرت در سن کودکی از نکاتی است که در آیات قرآن نظیرهایی برای آن بیان شده است. شیعه بر این باور است که امامت منحصر در سن و سال خاصی نیست؛ زیرا امر الهی امامت به وسیله خدای رحمان تعیین شده و کسی در آن مداخله و تصرفی ندارد.

از شبهات دشمنان اهل بیت (ع) ادعای دشمنی امام حسین (ع) با ایرانیان است. باستان‌گرایان ادعا می‌کنند که در منابع شیعه، امام حسین (ع) امر به اسارت و بردگی ایرانیان داد. با مراجعه به منابع روایی و تاریخی شیعه مشخص می‌شود، تکریم و احترام اهل بیت (ع) نسبت به ایرانیان در طول تاریخ، به دفعات اتفاق افتاده است.

باستان‌گرایان و آتئیست‌ها با ایجاد شبهاتی پیرامون حضرات اهل بیت (ع) به جعل خرافه و توهین پرداخته‌اند. آنان ادعا می‌کنند که شمر بن ذی‌الجوشن برادر ام‌البنین مادر حضرت ابوالفضل (ع) بوده و همچنین یزید برادر همسر امام حسن (ع) است؛ لذا شیعیان گرفتار دعوای خانوادگی اعراب صدر اسلام شده‌اند.