از آیات قرآن و روایات و سخنان بزرگان دین این‌گونه برداشت می‌شود که ذکر همان یاد خداوند است در تمام حالات و پیشامدهای انسان و اینکه انسان باید یک‌سره خود را در حضور باری‌تعالی بداند. ولذا برای ذکر مراتبی است که عبارت است از: ذکر لسانی، ذکر قلبی و ذکر عملی و این‌که ذكر زبانى گرچه از تمام مراتب ذكر، نازل‌تر است ولى درعین‌حال مفيد فايده است.

وقتی كه شخصی با خواب اصل و نسب‌دار می‌شود و ادعای امامت و قائميت و سفارت امام زمان (عليه‌السلام) را دارد، بايد هم همدست او بگويد، اثبات نسل امام مهدی قابل اثبات نيست و از مردم مخفی است. با اين دليل قوی! هركس می‌تواند ادعا كند هم سيد شده هم فرزند امام زمان (عج) و هم فرستاده‌ی امام زمان (عج) است.

یکی از مبانی عرفان کیهانی در نظر طاهری پله‌ی عشق است. پله‌ی رابطه‌ای عاشقانه بین خدا و انسان پدید می‌آورد. پله‌ی عشق در سخنان طاهری مفهومی بسیار مبهم است زیرا ازیک‌طرف عشق قابل تشریح نیست و به کلام نمی‌آید و از طرف دیگر با عقل قابل‌درک است. طاهری درباره عشق سخنان ضدونقیضی دارد که به‌هیچ‌وجه قابل‌جمع با یکدیگر نیستند.

طاهری در کتاب "فرا درمانی" شعور را مادّه جهان هستی معرفی می‌کند، این در حالی است که در همین کتاب شعور را دارای حرکت می داند ولی این حرکت فاقد زمان و مکان است. وی در کتاب‌ "ارتباط عالم ذرات" حرکت را مادّه‌ی جهان هستی می‌داند و چون دچار تناقض گشته به‌ناچار قائل به مجازی بودن جهان هستی مادّی می‌‌شود.

با بررسی قوانين شعور حاكم بر جهان هستی که برگرفته از کتاب فرا درمانی محمدعلی طاهری است با مشکلاتی مانند: نداشتن روش تحقیق علمی برای اثبات مدعای خویش، عقلانی نبودن مباحث مطرح‌شده، تناقض در ادعاهای طرح‌شده، عدم استدلال مناسب با ادعاهای مطرح‌شده و تناقض قوانین با یکدیگر روبرو می‌شویم.

سخنان آقای محمد علی طاهری، بدون استناد شرعی و اصول عقلی می باشد. اعتقاد به بعضی سخنان وی بدون شک انسان را از دایره‌ی اسلام خارج می‌کند و دارای عقاید مشرکانه می‌شود. وی می‌گوید: تنها ملکی که موحد باقی ماند ابلیس بود. در حالی که این کلام در تضاد با قرآن است.