از جمله تقابلات امام خمینی رحمةالله‌علیه با انجمن حجتیه این بود که ایشان با مبانی انجمن حجتیه در برداشت سطحی و عوامانه از اسلام و اندیشه «جدایی دین از سیاست» و همچنین با اندیشه «نامشروع دانستن حکومت اسلامی در زمان غیبت» مقابله کرد.

جریان‌های افراطی منتسب به شیعه با استناد به روایت «رفع قلم» بر این باورند که به بهانه برائت از دشمنان اهل‌بیت(ع) می‌توان جشن‌هایی با مضامین نامناسب برگزار کنند؛ در حالی که این روایت در منابع معتبر شیعه (کتب اربعه) نیامده است و از طرفی هم، مخالف نص قرآن کریم است.

برگزاری مجالس سب و لعن و اهانت به مقدسات سایر مذاهب تبعات منفی بسیاری دارد که از تبعات این امر، ریخته شدن خون شیعیان بی‌گناه و تعرض به مال و ناموس آنها و همچنین از بین رفتن وحدت میان مسلمین است.

از جمله مبانی فکری جریان انحرافی «تشیع لندنی» این است که طرفدران این جریان، وحدت، یکپارچگی و اتحاد بین مذاهب اسلامی را کفر و آن را ساخته و پرداخته برخی افراد برای حذف ولایت اهل‌بیت عصمت و طهارت علیهم‌السلام می‌دانند.

سید ابوالفضل برقعی ادعا می‌کند که خداوند از تمام کسانی که با رسول خدا صلی‌الله‌علیه‌وآله بوده‌اند و با ایشان بیعت کردند خشنود است و به آنان وعده بهشت داده است. در پاسخ به این ادعا باید گفت که رضایت خداوند، شامل تمامی کسانی که در آن روز با رسول خدا صلی‌الله‌علیه‌وآله بیعت کرده‌اند نمی‌شود؛ بلکه تنها شامل کسانی می‌شود که با ایمان قلبی بیعت کرده‌اند؛ زیرا خداوند در قرآن، رضایت خود را مشروط به داشتن ایمان کرده است.

سید ابوالفضل برقعی که قرآن را برای هدایت بشر کافی می‌داند و مدعی قرآن‌بسندگی است، روایاتی که در اهمیت کتاب خدا و رجوع به آن صادر شده را به‌ عنوان دلیل انحصار هدایت در قرآن ذکر کرده است. در حالی که این روایات هیچ دلالتی بر مدعای وی ندارد.