برقعی، در کتاب تضاد مفاتیح الجنان، ضمن انکار بسیاری از ادعیه وارده، در مورد دعای جوشن صغیر می‌نویسد: « «دعاي جوشن صغیر» را كفعمی و ابن طاوس و مجلسی، بدون ذكر سند آورده است» که در پاسخ باید گفت، دقت سندی زیاد در دعا لازم نیست؛ بلکه طبق «روايات عرضه» آنچه از اهل بیت (ع) نقل شده باشد و موافق كتاب خدا باشد، می‌توان آن را به آنان منتسب ساخت.

برقعی که بسیاری از عقاید شیعه را منکر شده، از جمله مسائلی که برقعی انکار کرده و از مصادیق شرک قلمداد می‌کند، مسئله توسل است؛ در حالی‌که توسل به انبياء، ائمه و صالحان (ع) يكي از باورهايي است كه تمام مسلمانان در طول تاريخ بر آن اجماع و اتفاق داشته و عملاً نيز بر اين باور پايبند بوده‌اند؛ برقعی با تأثیرپذیری از آراء محمد بن عبدالوهاب، فرياد سر داده كه هر نوع توسل به اموات شرك است.

ازجمله مسائلی که برقعی آن را انکار کرده، مسئله مهدویت است؛ این در حالی است که اعتقاد به ظهور مصلح آخرالزمان که نامش «مهدی» و از اولاد پیامبر (ص) است، مورد اتّفاق همه فرق و مذاهب اسلامی‌ است.

یکی از اشکالاتی که برقعی به شیعه نسبت داده، این است که می‌گوید شیعه هیچ دلیلی برای اثبات تقیه ندارد؛ در پاسخ می‌گوییم تقیه مبنایی است که دلایل قرآنی و روایی برای اثبات آن وجود دارد و عملکرد صحابه و تأیید آنان نیز گزارش شده است.

سید ابوالفضل برقعی یکی از بزرگان جریان قرآنیون برای توجیه حمله خلیفه دوم به ایران و جهاد خواندن آن، سخن امیرمؤمنان علی (ع) را شاهدی بر مدعای خویش می‌داند؛ در پاسخ باید گفت که هر استنادی از متن خطبه به مطلبی خارج از آن، نیازمند قرینه است که به آن مستند شود که نه برقعی و نه دیگرانی که در شرح خود به آیه‌ای اشاره کرده‌اند، قرینه‌ای بر کلام خود اقامه نکرده و کلام خود را متقن نساخته‌اند.

ابوالفضل برقعی از روحانیون معاصر شیعه بود که در یک تغییر نگرش، در برخی آثار متأخرش به عقیده وهابیت متمایل شده است. مطالعه آثار وی، که در قالب کتاب‌ها، تألیفات و یا فایل‌های صوتی و تصویری از وی است، حکایت‌گر این تغییر در اندیشه‌های او است که به مذاق وهابیت خوش آمده است.