انحرافات، بدعتها
بزرگان تصوف خانقاه را مکانی مطهر و مقدس معرفی می‌کنند و در مقابل آن اعتباری برای مسجد قائل نیستند و ارزشی که برای خانقاه قائل‍ند برای مسجد نیستند و مسجد واقعی را دل اهل خانقاه می‌دانند و از شرکت در مساجد اجتناب می‌کنند.
ابن جوزی شروع جریان تصوف را ریاضت نفس و مجاهده دانسته و سیر صوفی را برای رسیدن به جمال الهی سلوکی زاهدانه معرفی کرده است. او معتقد است جریان تصوف در ادامه دچار تلبیس ابلیس شده و به انحراف کشیده شده است. یکی از انحرافات ایشان بازداشتن صوفیان از کسب علم است که موجب انحرافات جدی در بدنه تصوف شد.
یکی از جنجال برانگیزترین تفسیر به رأی‌های صوفیه در مورد حضرت یوسف است، که توسط یکی از مشایخ فرقه گنابادیه مطرح شده است. ایشان نظریات مختلفی از دزدی حضرت یوسف را مطرح می‌کند و گاهی او را متهم به دزدی از سفره پدر یا متهم به دزدیدن مرغی از مادر برای دراویش می‌کند.
یکی از آیات قرآن که امامت حضرت علی (علیه‌السلام) و فرزندان او را اثبات می‌كند، آیه اطاعت یا اولی‌الأمر است که تعیین و نصب امام از طرف خداوند صورت می‌گیرد. در حالی که عده‌ای از صوفیان از جمله نورعلی تابنده، انتخاب اولی‌الأمر در این آیه را به دست جماعت مردم دانسته است.
یکی از انحرافات فرقه‌ی صوفیه گنابادیه، مسئله‌ی ولایت است که خود را صاحب و ولی مردم در زمان غیبت دانسته‌اند. آنان برای فریب مردم، جهت اطاعت بی چون‌وچرا و تسلیم محض از اقطاب گفته‌اند با سرپیچی از قطب و مراد، تمام عبادات انسان، حبط و نابود خواهد شد.
احترام به دیگران در اسلام بسیار سفارش شده، اما احترام و سکوت در برابر عقاید باطل و انحرافی دیگران، نه‌تنها سفارش نشده، بلکه باید در برابر اینچنین عقیده‌ای موضع گرفت. فرقه تصوف برای رسیدن به مقاصد خود و اینکه کسی به عقاید انحرافی آنان کاری نداشته باشد، احترام به عقاید دیگران را لازم دانسته است.
علیرغم اعتقاد بزرگان صوفیه به صلح کل و اینکه همه ادیان و مذاهب در نزد صوفیان یکسان هستند و هیچ کدام منحرف نمی‌باشند، ملا سلطان معتقد است کسی که مرید قطب نشده و دست بیعت به اقطاب این فرقه نداده است، کافر بوده و در زمره مسلمانان نیست. این سخن ملاسلطان درست نقطه مقابل عقیده صلح کل در مسلک صوفیه است.
یکی از دلایل شاهدباز شدن صوفیان تبعیت بی چون و چرا از مشایخ خود بوده است. ایشان به پیروی از مشایخ خود و با اعتماد به نحوه سلوک ایشان پای در راهی گذاشته که شاید توان آن را نداشته و به این دلیل از صراط حق منحرف شده و به عقایدی همچون شاهدبازی روی آوردند.
برخی از صوفیه که موافق عقیده شاهدبازی هستند، معتقدند عشق مجازی پلی برای رسیدن به عشق حقیقی است. اما مخالفان شاهد بازی نظری مخالف آن را داشته و معتقدند هرچند شهوت در اینگونه از افراد ضعیف شده باشد، اما با تکرار نظر ممکن است فرد به خبائث کشیده شود.
بنا بر فرمایش خداوند در قرآن، اطاعت از امام معصوم (ع) بر همه انسان‌ها واجب است، اما عده‌ای مانند صوفیان، اطاعت از امام را دستاویزی برای اطاعت از خودشان قرار دادند تا به مقاصد دنیوی خود برسند.
برخی کرامات صوفیه را از ریاضات غیرشرعی و برخی از اوراد و اذکار خاص یا استفاده از سحر و جادو می‌دانند. اما میرزای قمی در سخنانی افشاگرایانه منشأ برخی از کرامات صوفیه را در هتک حرمت آنان به قرآن و مقدسات اسلامی می‌داند و برای آن نمونه‌هایی بیان می‌کند.
علیرغم تاکید بسیار قرآن و روایات بر لزوم انجام امر به‌معروف و نهی از منکر توسط تک‌تک مسلمین، محجوبی از مشایخ فرقه گنابادیه با انحرافی آشکار، انجام این واجب الهی که از فروعات دین است را منحصر در اجازه مراد سالک دانست. بنابراین انجام این فریضه برای صوفیان، بدون اجازه بزرگان صوفیه امری خلاف به‌شمار می‌رود.
صوفیان در جهت توجیه رفتارها و گفتارهای غیرطبیعی خود در مراسماتی همچون سماع، به این مطلب استناد کرده‌اند که این افراد محب خدا می‌باشند و در بین دوستان آداب ساقط است. این اعتقاد، برخلاف آیات قرآن کریم است که عدم رعایت ادب را نشانه‌ای از بی‌عقلی می‌داند.
به واقع می‌توان گفت که کرامت‌های صوفیه به‌خاطر کثرت‌شان از حد شمارش خارج‌اند. رفتارهای عجیب وغریبی که بیشتر به افسانه‌ها شباهت دارد تا یک کرامت. کراماتی از آب شدن شخصی از روی شرم در مقابل بایزید.