در عهد صفویه در اثر عوامل مختلف، مسلک طریقت از فعالیت های عادی خویش بازمانده بود و روز به روز ضعیف تر می شد. کیوان قزوینی به وضع صوفیان آن زمان اشاره کرده وگفته است: (در دوره ی صفویه برخی از صوفیان کشته شده و برخی از ایران و قلمرو حکومت صفوی گریختند.)1
یکی از عوامل نابودی صوفیان درگیری گروه های مختلف با یکدیگر بود. افراد و دسته هایی تحت نام، حیدری ونعمتی چند قرن متوالی 2 درنقاط ایران بر یکدیگر هجوم برده و به جنگ و نزاع  می پرداختند و این دشمنی ها علاوه بر آنکه موجب ویرانی تکیه ها و کانون های طریقت می گردید، مانع از آن بود که هرگروه بتواند آزادانه به تبلیغ و دعوت مردم بپردازد.
می توان گفت: قوی ترین عامل نابودی صوفیان در آن عصر، قدرت روزافزون علمای شیعه و هماهنگی و تمایل پادشاهان صفوی به تشیع بود که با افکار و عقاید صوفیانه به نبرد برخاستند و این بی توجهی به مسلک طریقت از آنجا ناشی می شد که تصوف در اثر برخورد با تشیع جاذبه های خود را از دست می دهد!
مهم ترین مرجعی که قدرت معنوی را در عهد صفویان به خود اختصاص داد، حوزه ی فعالیت علمای مذهبی بود. این گروه که از آغاز عهد صفوی قدرت و نفوذ زیادی پیدا کرده بودند با جریانهای فکری و ذوقی انحرافی ایرانیان و از جمله با تصوّف به مبارزه برخاستند.
البته مبارزه ی پیشوایان اسلام - که حافظان دینند – با صوفیان، امری تازه نبود جنگی دیرینه بود که از قرن های پیشین باز مانده و به این عهد رسیده بود. سید مرتضی ابن داعی رازی، عالم شیعی قرن ششم وهفتم هجری، صوفیان را به کفر و الحاد نسبت داده و مشایخی از قبیل: حسین بن منصور حلاج و شبلی و بایزید بسطامی را کافر و ملحد دانسته و مقالات آنان را از مقوله ی کفر و زندقه شمرده و صد هزار لعنت برآنان و بر کسانی دیگر از همین فرقه فرستاده است. زیرا به نظر ایشان صوفیان بی دین و مردود و زندیق و دشمن اهل بیت علیهم السلام و تارک فرائض و وضو و نماز و غسل هستند.3
البته مخالفت عالمان شیعه با فِرق صوفیه، علل زیادی دارد که از جمله علت های این دشمنی، آن است که: عالمان شیعه ولایت و رهبری خلق را خاصّ امام زمان عجل الله تعالی فرجه و در غیبت صغری ویژه ی نواب خاصّ و در غیبت کبری مخصوص نوّاب عام او می دانند و حال آن که صوفیان اقطاب و مشایخ خود را در زُمره ی اولیاء الله درآورده و اطاعت از آنان را پنهان و آشکارا واجب می شمارند.4
سرانجام در اثر مبارزات فقها و اهل شرع، از تصوّف و صوفیگری در مناطق شیعی بطرز محسوسی کاسته شد و ایشان دیگر فعالیت چشمگیری از خود نشان ندادند، تصوّف بازاریِ درویشان دوره گرد هم از جنب و جوش افتاد و علما و شعرای صوفی مسلک نیز خاک ایران را ترک گفته و بیشتر راه هند را در پیش گرفتند و در هند شهرت و مقام و نفوذ سیاسی و نظامی و درباری حاصل کردند و مصدر کارهای بزرگ شدند و ادبیات بدعت گونه ی تصوّف را در آنجا رونق بخشیدند.
از آغاز قرن دوازدهم هجری بیشتر طریقت های تصوف از مرزهای ایران بیرون رفت. اما تشیع امامیه که مذهب رسمی ایران شده بود، به پیشرفت خود ادامه داد. اگر چه انحراف جدیدی بعدها رخ داد که ظهور کشفیه (شیخیه) و سپس بابیه از آن بود، وجود آورندگان این انحراف از صوفیگری مایه می گرفتند و این گونه خیالات از چشمه ی ناپاک تصوّف آب می خورد.

پی نوشت :
1- تاریخ خانقاه درایران ص 261
2- موضع اختلاف حیدری ونعمتی تا اواخرعصرقاجار در ایران جریان داشت (همان مدرک ص46)
3-  تبصره العوام، چاپ تهران1313: ص122 ،126 ،127
4- موضع تصوّف در برابرتشیع ص348