فرقه صوفیه سلطان علیشاهی گنابادیه، که دین خود را اسلام و مذهب خود را شیعه گذاشته، در اعمال و رفتارشان، مخالف دستورات اهل‌بیت (علیهم‌السلام) عمل کرده و نه تنها در مقابل ائمه‌اطهار(علیهم‌السلام) ایستادند، بلکه امامت آنان را هم زیر سؤال بردند.

فرقه صوفیه سلطان علیشاهی به انحرافاتی در دین، دچار شده است که نتیجه افراط و تفریطی است که آن‌ها و صوفیان نخستین به آن مبتلا بوده‌اند. از جمله انحرافات فرقه سلطان علیشاهی که بدعتی جدید در دین اسلام به شمار می‎آید عشریه به جای خمس و زکات و همچنین شریعت گریزی و تجسم صورت مرشد در عبادات است.

انحرافاتی همچون قائل شدن به جدایی بین شریعت و طریقت است که باعث شده است یوسف مردانی شیخ المشایخ فرقه صوفیه سلطان علیشاهی به جایگاه علمی علامه بحرالعلوم حمله کند و تقوا و عرفان ایشان را از بزرگان خود بداند و به این مطلب قائل شود که حتی مجتهدین نمی‌توانند خود تذکیه و تصفیه نفس کنند و باید نزد صوفیه به تذکیه و تصفیه نفس و روح خویش بپردازند.

در پی اغتشاشات اخیر فرقه‌ی صوفیه‌ی سلطان علیشاهی، که در خیابان پاسداران تهران رخ داد، بعضی از مدعیان روشنفکر، برای حمایت از این فرقه اغتشاشگر، آنان را مظلوم و بی‌گناه نشان داده و گفته‌اند که آنان در این حادثه سرکوب شده‌اند. اختلاف عقیده آنان با اسلام نظام را سبب سرکوب شدن آنان دانسته‌اند.

علاوه بر انحراف عقیدتی صوفیه، همه کسانی که این فرقه‌ انحرافی را نقد می‌کنند، معتقد هستند ایشان با بیگانگان و استعمارگران ارتباط داشته و ماموریت دارند در میان شیعیان اختلاف ایجاد کنند. یکی از علمای شیعه درباره انتساب صوفیه به اجانب می‌گوید: «صوفیه، شیخیه و بهائیت، سه حدث هستند از یک مخرج.»

یکی از اعتقادات فرقه صوفیه که آن را جزو آداب و سیروسلوک صوفیانه خود می‌دانند، تبعیت و سرسپردگی محض از قطب است که با توجه به اغتشاشات اخیری که از سوی این دراویش در خیابان پاسداران تهران رخ داد می‌توان گفت که این اعتقاد و سلوک صوفیان ظاهری بیش نیست.