بدين سان، سيّد على محمّد از دعاوى خود، بازگشت، ولى توبه‏ ى او، صورى بود. پيش از توبه‏ ى اخير، در شيراز نيز بر فراز منبر و در برابر مردم، نيابت و بابيّت خود را انكار كرد، امّا چيزى نگذشت كه ادّعاهاى بالاترى را به ميان آورد و از پيامبرى و رسالت خويش سخن گفت.
در اواخر سلطنت محمّد شاه و پس از مرگ او (1264) از سوى مريدان سيّد على محمّد، آشوب‏هايى در كشور پديد آمد كه از جمله، رويداد قلعه‏ ى شيخ طبرسى در مازندران بود. در اين آشوب، جمعى از بابيّان به رهبرى ملاّ حسين بشرويه و ملاّ محمّد على بارفروشى، قلعه ‏ى طبرسى را پايگاه خود قرار دادند و اطراف آن را خندق كندند و خود را براى جنگ با قواى دولتى آماده ساختند. از سوى ديگر، بر مردم ساده دل كه در پيرامون قلعه زندگى مى‏ كردند به جرم «ارتداد» هجوم آورده، به قتل و غارت ايشان مى ‏پرداختند. يكى از بابيّان مى ‏نويسد:
جمعى رفتند و در شب، يورش برده، دِه را گرفتند و يكصد و سى نفر را به قتل رسانيدند. تتمّه، فرار نموده، دِه را حضراتِ اصحاب حق، خراب نمودند و آذوقه‏ ى ايشان را جميعا به قلعه بردند.(43)
آنان چنين مى پنداشتند كه ياران مهدى موعودند و به زودى، جهان را در تسخير خود خواهند گرفت و بر شرق و غرب، فرمانروايى مى‏كنند. همان فرد مى‏ نويسد:
حضرت قدّوس [ محمّد على بارفروشى ] مى‏ فرمودند كه «ما هستيم سلطان بحق، و عالم، در زير نگين ما مى‏ باشد و كلّ سلاطين مشرق و مغرب، به جهت ما خاضع خواهند گرديد».(44)
پس ميان ايشان و نيروى دولتى جنگ در گرفت و فتنه‏ ى آنان با پيروزى قواى دولت و كشته شدن ملاّ محمّد على بارفروشى در جمادى الثانيه 1265 پايان گرفت.
در زنجان نيز شورشى به سركردگى ملاّ محمّد على زنجانى (در سال 1266 ه) پديد آمد كه به شكست بابيّان انجاميد.
در تهران نيز گروهى از بابيّان به رهبرى على ترشيزى بر آن شدند تا ناصرالدين شاه و اميركبير و امام جمعه‏ى تهران را به قتل رسانند، امّا نقشه‏ ى آنان كشف شد و سى و هشت تَن از سران بابيّان، دستگير و هفت تن از آنان كشته شدند.
شگفت آن كه مريدان سيّد على محمّد، در جنگ‏هاى قلعه‏ ى طبرسى و زنجان، از مسلمانى دم مى‏زدند و نماز مى‏ گزاردند و از «بابيّت» سيّد على محمّد جانب دارى مى‏ كردند.(45)
ظاهرا، در آن هنگام، هنوز ادّعاى مهدويّت و نبوّت وى به آنان نرسيده بود. از اين رو، به اعتراف وقايع نگاران بابى، برخى از بابيّان به محض اين كه در «بدشت» از ادّعاى مهدويّت سيّد على محمّد و تغيير احكام اسلام با خبر شدند، به شدّت از او روى گرداندند.(46)