سيّد على محمّد، پس از توقّف پنج ساله در بوشهر، با رها كردن تحصيل و تجارت، به شيراز بازگشت و از آن جا به مكّه سفر كرد، سپس براى زيارت قبر امام حسين عليه‏ السلام و تحصيل علم، به كربلا رفت و در آن جا، به جهت سنخيّت فكرى و شنيدن آوازه‏ ى سيّد كاظم رشتى ـ شاگرد و جانشين و مفسّر آراى شيخ احمد احسائى ـ به وى گرايش پيدا كرد.
چنان كه پيش از اين آورده‏ ايم، شيخ احمد احسايى، معتقدات باطل‏اش را به بعضى از شاگردان‏اش، از جمله سيّد كاظم رشتى انتقال داد. از مهم‏ترين آن افكار، در ارتباط با بحث ما، تركيب معجونى از افكار غلوآميز درباره‏ ى ائمّه‏ ى اطهار عليهم ‏السلام و اين كه آنان «مظاهر تجسّم يافته‏ ى خدا» يا «خدايان مجسّم»اند و اين كه لازم است در هر زمان، يك نفر ميان مردم و امام زمان، «باب» و «واسطه‏ ى فيض روحانى» باشد، مى‏توان ياد كرد.
سيّد على محمّد، در مدّت توقّف خود در كربلا ـ كه ظاهرا، دو يا سه سال طول كشيد ـ در سلك شاگردان و مريدان سيّد كاظم رشتى در آمد و مورد توجّه استادش قرار گرفت.(17)
وى، در مدّتى كه نزد سيّد كاظم رشتى شاگردى مى‏كرد، با مسائل عرفانى، و تفسير و تأويل آيات قرآن و احاديث و مسائل فقهى به روش شيخيّه، آشنا شد و از آراى شيخ احسايى هم آگاهى يافت.(18) علاوه، هنگام اقامت در كربلا، از درس ملاّ صادق خراسانى كه او نيز مذهب شيخى داشت، بهره گرفت و چندى نزد وى بعضى از كتب ادبى متداول آن ايّام را فرا گرفت.(19)
سيّد على محمّد، در سال 1257 هجرى قمرى به شيراز بازگشت و هرگاه فرصت مى‏يافت، كتاب‏هاى دينى را مطالعه مى‏كرد. به گفته‏ ى خودش:
و لقد طالعتُ سَنا بَرق جعفر العلوي و شاهدتُ بواطن آياتها(20)؛
همانا، كتاب «سنابرق» اثرِ سيّد جعفر علوى باطن آيات‏اش را مشاهده كردم». [ مشهور به كشفى ] را خواندم و رياضت غيرشرعى، گام نخست انحراف سيّد على محمّد شيرازى، پيش از ابراز ادّعاهاى دروغين خويش، به رياضت‏هاى سخت و بى فايده مشغول گرديد. وى، در ايّامى كه به تجارت پرداخته بود، كم كم، دست از آن كشيد و در آن ايّام، ذوق رياضت و ذكر و فكر و مراقبه‏ ى غير شرعى كه شيوه‏ ى دراويش و صوفيه بود، در سرش افتاد و لذا به رياضت‏هاى غير شرعى و غير معمول و طاقت فرسا پرداخت. شايد از همين رو باشد كه بعضى گفته ‏اند، انجام دادن رياضت‏هاى سخت، اعتدال مزاج و حواس او را بر هم زد و اختلالى در افكارش پديدار گرديد. در اين باره آورده‏ اند:
روزها، در آن آفتاب گرم كه حدّتى به شدّت دارد، سر برهنه ايستاده به دعوت عزائم، عزيمت تسخير شمس داشتن، تا تأثير حرارت شمس، رطوبت دماغ‏اش را به كلّيه، زايل، به روز شمسات‏اش نايل ساخت.(21)
از همان سنين نوجوانى، علامات عدم تعادل روحى در او آشكار بود. به كارهاى غير متعارف دست مى‏زد، و طبيعتا، خرافه گرا بود. به «اوراد» و «طلسمات» ـ كه رمّالان و افسونگران نادان و حرفه‏اى، جهت ارتزاق و گول زدن ساده لوحان به كار مى‏ بردند ـ سخت علاقه‏ مند و پا بند بود و گاه با همين طلسمات بى اساس و اوراد ـ به زعم خود ـ به تسخير جنّ و يا تسخير «قواى فلكى» و «روح خورشيدى» مى‏پرداخت! چنان كه در هواى گرم تابستان بوشهر، هنگام بلندى آفتاب، بر بالاى بام مى ‏ايستاد و براى تسخير آفتاب، اوراد مجعوله مى‏ خواند و حركات رياضت كشان قديم هندى را تقليد مى‏نمود».(22)
پس وى، گذشته از دل بستگى به انديشه‏هاى شيخى و باطنى، به «رياضت كشى» نيز مايل بود و به هنگام اقامت در بوشهر، در هواى گرم تابستان، از سپيده دم تا طلوع آفتاب و از ظهر تا عصر، بر بام خانه رو به خورشيد، اورادى مى‏ خواند.(23)
اين وضعيّت، تأثير زيادى در روحيّه ى او باقى گذاشت و زمينه‏ ى انحراف اعتقادى را فراهم ساخت.