قبل از پيروزى انقلاب اسلامى دردى ماه سال 1357، يعنى زمانى كه ديگر تقريبا پيروزى ملت بر دولت شاه قطعى شده بود، دكتر« كوكلر رفت» اسناد دانشگاه روتگرز آمريكا با امام خميني(ره) مصاحبه اى در مورد بهائيان انجام داده است. در اين مصاحبه او سوال مى كند: «آيا براى بهائى ها در حكومت آينده، آزادى هاى سياسى و مذهبى وجود دارد؟» حضرت امام در پاسخ مى فرمايند:« آزادى براى افرادى كه مضر به حال مملكت هستند داده نخواهد شد.» او در سؤالى ديــگر مى پرسد: «آيا آزادى هايى براى مراسم مذهبى آنها داده خواهد شد؟ » در پاسخ امام مى فرمايند: «خير» چنان كه در فصل گذشته و در بيان وضعيت بهائيت در دوره پهلوى گفته شد بر اساس نظر حضرت امام (ره) بهائيان به عنوان يك حزب و نه يك مذهب وظيفه جاسوسى براى اسرائيل را به عهده داشتند. طبيعتاً هيچ كشورى حاضر نخواهد شد جاسوس كشور ديگرى را در كشورش آزاد بگذارد تا هر كارى خواست انجام دهد. از لحاظ مذهبى هم پس از پيروزى انقلاب اسلامى و جو موجود و اقبال عمومى مردم در رفراندوم 12فرودين سال 1358 تحولى كه در ايران اتفاق افتاد اين بود كه حكومت به دست نواب عام امام زمان رسيد. حكومتى بنا شد كه مبتنى بر اصلى است كه از ابتدا با اعتقادات بهائيت مغاير است. هسته هاى مركزى ايدئولوژى نظام جمهورى اسلامى ايران و بهائيت با يكديگر اختلاف دارد. بنابراين به نظر مى رسد نوعى تفكر آشتى ناپذير بر دولت و ملت ايران و اعتقادات اين فرقه حاكم باشد. با توجه به اين كليت به بررسى موضع گيرى جمهورى اسلامى ايران در مقابل بهائيان مى پردازيم.
پس از انقلاب به دليل محرز شدن جاسوسى عده اى از سران تشكيلات در شهرهاى مختلف كشور و نيز كمك به تثبيت نظام شاهنشاهى و نيز حيف و ميل اموال مسلمين و سرازير كردن بيت المال به جيب صهيونيست ها، تعدادى از آنان دستگير و پس از محاكمه توسط دادگاههاى انقلاب اسلامى به حبسهاى متفاوت و اعدام محكوم شدند. در مقابل اين احكام، دولت آمريكا كه در حقيقت حامى اصلى آنان به حساب مى آمد، عكس العمل نشان داد و رئيس جمهور وقت آمريكا به اين احكام اعتراض نمود. در پاسخ آن حضرت امام (ره) سخنانى ايراد نمودند كه به علت اهميت آن در اين مورد در زير مى آيد:
«ومن اميدوارم كه خداوند تبارك و تعالى اين ملتى كه امروز قيام كرده است، نهضت كرده است و براى او قيام كرده است و براى او نهضت كرده است، شرمفسدين و جبارين را از سرش كوتاه كند تا برسد به مسائلى كه بايد برسد.لكن تا اين قدرتهاى بزرگ به اريكه قدرت خودشان نشسته اند، اين امرى است كه يك قدرى به نظر مشكل مى آيد. نمى دانم كه در بعضى از راديوها كه پخش كردند، صحبت رئيس جمهور آمريكا را ملاحظه كرديد كه ايشان از همه دنيا استمداد كردند براى اين كه اين بهائى هايى كه در ايران هستند و مظلومند و جاسوس هم نيستند و بجز مراسم مذهبى به كار ديگر اشتغال ندارند و ايران براى همين كه اينها مراسم مذهبى شان را به جا مى آورند 22 نفرشان را محكوم به قتل كرده اند؛ ‌ايشان از همه دنيا استمداد كرده كه اينها كه جاسوس نيستند،‌ اينها يك مردمى هستند دخالت در هيچ كارى ندارند و روى انسان دوستى ايشان اين مسائل را مى گويند .
اگر ايشان اين مسائل را نمى گفت، خوب گاهى اذهان ساده احتمال مى دادند كه خوب اينها هم يك مردمى هستند كه ولو اعتقادشان فاسد است لكن مشغول كار خودشان هستند و مشغول عباداتى كه به نظر خودشان عبادت است مثلاً‌ هستند و حال آن كه در آن نظر هم نبودند. لكن بعد از اين كه آقاى ريگان گفته اند شهادت دادند به اين كه جز مراسم مذهبى چيز ديگرى ندارند باز هم مى توانيم باور كنيم؟ از آن طرف وقتى كه حزب توده را مى گيرند، شوروى صدايش بلند مى شود كه يك عده مردم بيگناهى كه با جمهورى اسلامى هم موافق بودند، پشتيبان بودند، جمهورى اسلامى را هم اينها مثل ديگران همراهى كردند و حالا هم همين طور هستند، دولت ايران بيخودى آمده است اينها را گرفته و حبس كرده. از آن طرف هم آقاى ريگان مى گويد كه اين بهائى ها بيچاره ها مردم آرام ساكتى مشغول عبادت هستند ، جهات مذهبى خودشان را به جا مى آورند و ايران براى خاطر همين كه اينها اعتقادشان مخالف با اعتقاد آنهاست گرفتند. اگر اينها جاسوس نيستند شما صدايتان در نمى آمد. شما براى خاطر اين كه اينها دسته اى هستند كه به نفع شما هستند. والا شما را مى شناسيم ، آمريكا را مى شناسيم كه انساندوستى اش گل نكرده است كه حالا براى خاطر 22 نفر  بهائى كه در ايران به قول ايشان گرفتار شدند، براى انساندوستى يك وقت همچو صدا كرده و فرياد كرده و به همه عالم متشبث شده است كه به فرياد اينها برسيد.
مردم شما را مى شناسند شمايى كه عراق را وارد كردى كه هر روز به سر اين كشور ما آن مى آورد كه مغول نياورد و به سر كشور خودشان هم همين طور. عراق كه يك دسته از علماى بزرگ آنجا را مثل آقاى آيت الله سيد يوسف كه من او را مى شناسم كه چه مرد سالم صحيحى است، براى خاطر (به نظر مى آيد) انتقام از مرحوم آيت الله حكيم، ايشان را با عده كثيرى از بچه ها و بزرگهاى فاميل را گرفته است. شما اگر چنانچه انسان دوست بوديد، يك كلمه خوب بود بگوييد، اشارتاً بگوييد كه خوب چرا اين كار را مى كنيد؟ يك كلمه در رسانه هاى گروهى شما اشكال كنند به اين كه اين كارها در عراق و ايران چى هست كه شما مى كنيد. شما ديديد كه اينها چه كردند و رسيديد به اين كه پرونده هاى آنها را مطالعه كرديد و مى گوييـد؟ يــا غيـــب مى دانيد؟ اگر دليل ما نداشتيم با اين كه جاسوس آمريكا هستند جز طرفدارى شوروى از آنها، كافى بود. لكن ما به شما بگوييم نه حزب توده را به واسطه حزب توده بودنش و نه بهائى را به واسطة بهائى بودنش اين محاكم ما محاكمه كردند و حكم به حبس دادند. اينها مسائل دارند. حزب توده را خودشان امدند همه حرفهايشان را زدند و سابقه دارند. اينها بهائى ها يك مذهب نيستند، يك حزب هستند. يك حزبى كه در سابق انگلستان پشتيبانى آنها را مى كرد و حالا هم آمريكا دارد پشتيبانى مى كند. اينها هم جاسوسند مثل آنها. اگر جاسوس نباشند خوب بسيارى از مردم ديگر هم هستند كه اينها انحرافات عقيدتى دارند، كمونيست هستند، چيزهاى ديگرهستند. لكن مردم و محاكم ما به واسطه كمونيست بودن آنها يا انحراف عقيده داشتن آنها را نگرفتند و حبس بكنند. حزب توده هم مادامى كه توطئه نكرده بود كه اشتغال به توطئه اش زياده نشده (البته تحت نظر بودند اينها كه اينها چه مى كنند چه سابقه داشتند اينها) ولى مادامى كه نزديك شد اين توطئه شان به خيال خودشان، به خيال فاسد خودشان به ثمر برسد، آن وقت بود كه پاسدارهاى عزيز ما آنها را گرفتند و انشاءالله به موقع خودش به جزاى خودشان هم مى رسند.
مسأله اين است كه طرفدار اينها شما آقاى ريگان هستيد و طرفدار آنها آقاى فرض كنيد شوروى هست و اين دليل است كه اينها يك وضع خاصى دارند كه آنها نفع به اينها مى رسانند و اينها نفع مى رسانند. نفع رساندن اينها غير از اين مى تواند باشد كه اخبار ما را به آنها بدهند جاسوسى بكنند بين ملت ايران و دولت ايران با آنها اين گرفتارى هايى است كه كشور ما امروز دارد با اين ابرقدرت ها و اين منحرفين.
قبل از انقلاب، تلقى مردم مسلمان ايران از بهائيان تلقى يك فرقه ضاله ضد اسلام و ضد مليت بود، اين طرز تلقى بعد از انقلاب نيز نه تنها تغيير نكرد، بلكه شدت يافت، زيرا سوابق وابستگى برخى از سران آنان به بيگانگان محرز و دشمنى آنان با دين و دولت ايران در افكار عمومى مسلمانان غير قابل انكار بود. اين برداشت بعد از انقلاب وقتى دولت به دست ملت سپرده شد به دولت تازه تأسيس نيز سرايت نمود و از طريق آن رسميتى قاطع تر از گذشته يافت، به طورى كه جمهورى اسلامى براى آنان هيچ گونه رسميتى قائل نشد.»
در قانون اساسى جمهورى اسلامى ايران اقليتهاى دينى شناخته شده عبارتند از :
يهودى، مسيحى و زرتشتى . هر دين و مسلكى غير از اينها طبق قانون اساسى هيچ گونه رسميتى ندارد. بنابراين بهائيت به عنوان يك فرقه مذهبى، داراى هيچ گونه رسميتى در ايران نيست. با توجه به سوابق اين فرقه به عنوان يك حزب سياسى طرفدار بيگانگان و مقابله آن با اقتدار ملت و روحانيت و مخالفت علنى با دين رسمى ملت ايران. بهائيان از وجهه بسيار پايينى در افكار عمومى ملت ايران و در ديدگاه دولت مردان برخوردارند. اين عدم پذيرش حتى در دوران پهلوى كه دولت به آنان ميدان بسيار وسيعى براى فعاليت داده بود نيز با توجه به فشار افكار عمومى وجود داشت و چنان كه بيان شد در آن دوران هم به عنوان يك دين رسمى شناخته نشد. حتى به طور رسمى اجازه استخدام در ادارات دولتى هم به آنان ندادند.
با توجه به اين زمينه دو عكس العمل از جانب دولت جمهورى اسلامى ايران در مقابل آنان به چشم مى خورد. در ابتدا همان طور كه گفته شد بهائيت هيچ وقت به رسميت شناخته نشد. اما در مورد عكس العمل دوم بايد گفت كه نظام نمى توانست مثل زمانهاى گذشته با بذل و بخشش به آنها پست و مقام بدهد واز سويى نيز نمى توانست آنها را كاملاً‌ ناديده بگيرد. لذا با توجه به جو حاكم و اين كه حكومت اسلامى اصولاً وظيفة خود را در قبال همه شهروندان و مسائل آنان يكسان مى ديد، نمى توانست آنان را از حق زندگى محروم نمايد. بنابراين با توجه به قابل توجه بودن تعداد آنان و اين كه بهائيان را اصالتاً‌ و از ريشه به عنوان فرقه ضاله محسوب مى نمود و سابقه جاسوسى براى اسرائيل را در آنان مشاهده كرده بود، آنان را از برخى امكانات اجتماعى و نه فردى محروم كرد.
مشاغل حساس و غير حساس دولتى و بعضاً‌ غيردولتى، كه در رژيم پهلوى به فراوانى در اختيار آنان قرار داده شده بود از آنان باز پس گرفته شد، ازكليه مراكز نظامى،‌فرهنگى و هنرى اخراج شدند، از ورود افراد وابسته به اين فرقه به مراكز آموزشى عالى جلوگيرى شد و آنان كه در اين مراكز بودند اخراج شدند، چرا كه تجربه گذشته نشان داده بود كه وقتى آنان در محيطهاى آموزشى و فرهنگى قرار مى گيرند و يا پستى اشغال مى كنند به علت وابستگى به تشكيلات بهائى از آن در جهت تبليغ بهائيت، اطلاع رسانى و ايجاد تسهيلات براى ديگر بهائيان استفاده مى كنند. از لحاظ اخلاقى هم اختلاف زيادى بين موازين اخلاقى آنان و مسلمانان وجود دارد و اين خود مى تواند يكى ديگر از عوامل طرد آنان از مؤسسات عمومى و دولتى باشد. از اشتغال آنان به تعدادى شغل آزاد مشخص هم كه با طهارت و نجاست ارتباط داشتند و با شرع مقدس اسلام مغايرت بودند، جلوگيرى شد.
بنابر ادعاى محافل بهائيت خارج از كشور در رسانه هاى بيگانه، شوراى عالى انقلاب فرهنگى در راستاى محدود كردن فعاليتهاى فرهنگى بهائيان مصوباتى به تصويب رسانده كه در اين سند ادعا شده جمهورى اسلامى طرحى را براى محدود كردن بهائيت تدوين نموده است كه از مواد آن عبارتنداز: اين كه آنان بدون جهت از مملكت اخراج نمى شوند و بى دليل دستگير، زندانى و مجازات نمى شوند، اما برخورد نظام با آنان بايد طورى باشد كه راه ترقى و توسعه آنان مسدود شود. از لحاظ فرهنگى در اين مصوبه آمده است كه: بهائيان چنانچه اظهار نكردند بهائى اند، درمدارس ثبت نام شوند و حتى المقدر در مدارسى كه كادر قوى و مسلط بر مسائل عقيدتى دارند ثبت نام شوند… «در رابطه با جايگاه اجتماعى و حقوقى بهاييان موارد زير در مورد آنها تصويب شد: در اختيار گذاردن وسايل معاش در حد متعارف كه در اختيار همه آحاد ملت قرار داده مى شود، امكانات زندگى معمول و حقوقى عمومى مانند ساير شهروندان ايرانى از قبيل دفترچه بسيج، گذرنامه، ‌جوازدفن، اجازه كار و امثال آنها تا جايى كه تشويق به بهائيت نشوند، در صورت ابراز بهائى بودن اجازه استخدام ندارند، پستهاى مؤثر ( مانند معلمى و .. .) به آنان داده نشود.
ذكر اين نكته نيز ضرورى است كه تعداد انبوهى از بهائيان كه با پيروزى انقلاب اسلامى تمام نقشه هاى بيت العدل را در ايران بر باد رفته مى ديدند و نسبت به اين مرام بى اعتقاد شدند، با ايجاد تسهيلات لازم ازطرف نظام جمهورى اسلامى به سوى مساجد حركت كرده و به صورت دسته جمعى و خانوادگى مسلمان شدند.