درحالى كه دستگاه دولت به سوى تقويت بهائيت در ايران حركت مى نمودو بخش بزرگى از آن در اختيار آنان بود و دستشان به علت سفارش اربابان شاه در همه امور باز بود، از سوى ديگر در ميان ملت، متدينين به بعضى تحركات عليه بهائيت دست مى زدند .عمده ترين مخالف آنان در ميان ملت روحانيت بود. روحانيت و مذهبيون كشور به شيوه هاى مختلف براى مقابله با بهائيت وارد ميدان شدند كه از جمله تحركات انجام شده توسط ملت، تأسيس سازمانى تحت عنوان انجمن حجتيه به وسيله عده اى از مذهبيون بود.
نام اين سازمان كه در حدود سال 1332 تأسيس شد،«انجمن خيريه حجتيه مهدويه» مى باشد كه به آن انجمن ضد بهائيت و يا اختصاراً انجمن نيز گفته مى شد. مؤسس اين انجمن يك روحانى به نام شيخ محمد ذاكرزاده تولايى است كه به شيخ محمود حلبى شهرت دارد. انگيزه تأسيس اين گروه آن بود كه آقاى حلبى در سالهاى 32 خوابى مى بينند كه در آن امام زمان (عج) به نامبرده امر مى فرمايند كه گروهى را براى مبارزه با بهائيت تشكيل دهند. اين انجمن در همه شهرهايى كه بهائيان در آنها فعال بودند تشكيل شد و با يك پيگيرى سازمان يافته درصدد مبارزه با آنان برآمد. فعاليتهاى آنان عمدتاً فرهنگى و در راستاى پيشگيرى از تبليغ و ترويج بهائيت، منزوى نمودن بهائيان در جامعه و نيز دعوت آنان به دين مبين اسلام بود.
در دوران حيات اين انجمن بسيارى از جوانان متدين جذب آن شدند. با توجه به اين كه اين انجمن يك مشى غيرسياسى براى خود انتخاب نموده بود، پوشش مناسبى براى فعاليتهاى سياسى برخى از متدينين مخالف شاه نيز بود، اما سازمان اطلاعات و امنيت شاه گهگاه يورشهايى به محلهاى تشكيل اين انجمن مى برد و در بازجويى ها آنان را كه به قصد مبارزه با دولت در اين انجمن گرد آمده بودند دستگير و زندانى مى كرد. از نظر آقاى پرورش، ‌شاه نيروهاى انجمن و بهائيت را در يك موازنه قرار داده بود تا يكديگر را كنترل كنند.حضرت امام(ره) به عنوان رهبر نهضت اسلامى در دوران شاه به علت مشى غيرسياسى آنان و تشويق جوانان به شركت در مبارزات بى خطر با بهائيت به عوض مبارزه با شاه،‌ اين حركت را مورد تأييد قرار نمى دادند. از نظر حضرت امام، در زمان غيبت مسلمين مى بايست در جهت تشكيل حكومت نواب امام عصر(عج) تلاش نمايند و حكومت ولى فقيه را تشكيل دهند. اين اعتقاد با مشى غير سياسى انجمن سازگار نبود. به هر صورت اين انجمن تا بعد از انقلاب اسلامى وجود داشت و در سال 1363، يعنى يك سال پس از اعلام انحلال تشكيلات بهائيت در ايران و پس از سخنرانى حضرت امام در مورد روحانيونى كه دين را از سياست جدا مى دانند اعلام تعطيلى نمود.
در دوره پهلوى سازمان روحانيت خود به طور علنى عليه بهائيت تحركاتى داشت كه مشهورترين اين حركتها مخالفتهاى مرحوم فلسفى است. از سال 1330 بخصوص در دوره نخست وزيرى حسين علاء، دست بهائيان در امور كشور بازتر شد و پس از كودتاى 28مرداد، تجرى آنان بيشتر گرديد. به همين مناسبت شكايات زيادى در اين مورد به آيت الله بروجردى رسيد.ايشان هم آقاى فلسفى را مأمور مقابله با تبليغات بهائيت نمودند كه ما در زير به شرح ايـن اقــدامــات مى پردازيم.
در سال 1334 قبل از ماه رمضان آقاى فلسفى به حضور آيت الله بروجردى رسيدند و اجازه گرفتند عليه بهائيت بر منابر و حتى در سخنرانى هايى كه از راديو پخش مى شد سخن بگويند. آيت الله بروجردى هم فرمودند اگر بگوييد خوب است، ‌حالا كه مقامات گوش نمى كنند اقلاً بهائى ها در برابر افكار عمومى كوبيده شوند. به اين ترتيب سلسله سخنرانى هايى توسط آقاى فلسفى و ديگر وعاظ عليه بهائيت انجام گرفت كه منجر به مقابله مردم با بهائيان شده حضيره القدس آنان مورد هجوم واقع شد و حتى در برخى از روستاها افراد معدود بهائى ساكن در آنجا به بيرون رانده شدند. در اين حركت بسيارى از مكانهاى مذهبى بهائيان نيز تخريب شد. حسين علاء كه براى معالجه در اروپا به سر مى برد به شاه تلگراف كرد كه اين اعمال براى وجهه ايران در خارج خوب نيست. در اثر اين حادثه تعدادى از بهائى ها از ايران رفتند و ايادى نيز به دستور شاه، به ايتاليا رفت.
آيت الله بروجردى در نامه اى از تلاشها و خدمات آقاى فلسفى در مقابله با اين فرقه كه به گفته ايشان به صورت حزب سياسى قريب به صد سال است كه با پولهاى مجهول المخزن عليه اسلام فعاليت دارند قدردانى نمودند. ايشان در اين نامه ضمن اشاره به جناياتى كه بهائيان مرتكب شده اند اشاره كردند كه آزادى و عدم مجازات آنان نشان از اين دارد كه در دستگاههاى حكومتى نفوذ دارند و مى بايد از ادارات تصفيه شوند.همچنين آيت الله بروجردى درمصاحبه اى با روزنامه كيهان در مورد مسئله بهائيان چنين بيان داشتند:

1.بايد نظم و آرامش در كشور برقرار شود.
2.بايد حظيره القدس را ويران نمود و ساختمان جديد در تصرف انجمن خيريه باشد.
3.كليه بهائيان بايد از ادارات دولتى و بنگاههاى ملى هر چه زودتر طرد شوند.

در شيراز در جريان يكى از سفرهاى شاه به اين شهر، بعد از زيارت حضرت احمد بن موسى شاهچراغ (ع) كه معمولاً بلافاصله پس از ورود شاه به اين شهر انجام مى گرفت، آيت الله سيد نورالدين حسينى الهاشمى در مقابل او دستور دادند كه معبد بهائيان واقع در محل خانه سيد على محمد باب كه حدود دويست متر از شاه چراغ فاصله داشت تخريب شود. اين عمل موجب شد كه شاه مسافرت خود به شيراز را نيمه تمام گذاشته به تهران بازگردد.
بهائيان در شيراز از تعداد نسبتاً بالايى برخوردار بودند. در همين شهر طبق گزارشى از ساواك جلسه اى با شركت 12نفر از بهائيان ناحيه 2شيراز در منزل يكى از بهائيان تشكيل شده است كه گفتار آنان در اين مجلس نحوه تصور آنان نسبت به وضعيت كشور و ملت را نشان مى دهد. آنان پس از انجام مراسم عبادى خود به بحث پيرامون وضع اقتصادى بهائيان در ايران پرداخته اند. يكى از حضار گفته است: «بهائيان دركشورهاى اسلامى پيروز هستند و مى توانند امتياز هر چيزى را كه مى خواهند بگيرند. تمام سرمايه هاى بانكى، واردات و رواج پول دراجتماع ايران مربوط به بهائيان و كليميان مى باشد. تمام آسمان خراشهاى تهران، شيراز و اصفهان مال بهائيان است. چرخ اقتصاد اين مملكت به دست بهائيـان و كليميــان مى چرخد. شخص هويدا بهائى زاده است. عده اى از مأمورين مخفى ايران كه در دربار شاهنشاهى مى باشند مى خواهند هويدا را محكوم كنند، ولى او يكى از بهترين خادمين امرالله است و امسال مبلغ 15هزارتومان به محفل ما كمك نموده است. آقايان بهائيان نگذاريد كمر مسلمانان راست شود.»
حضرت امام خمينى (ره) پس از فوت آيت الله بروجردى به صورت بسيار فعال وارد صحنه سياست كشور شدند. ايشان از آغاز دهه 40 با مشاركت فعال در اعتراض عليه لايحه انجمن هاى ولايتى و ايالتى در صحنه حضور يافتند. ايشان خطر بهائيان را براى اسلام و كشور جدى دانستند و به روحانيت در درجه اول سفارش اكيد كردند تا مردم را از اين خطر آگاه نمايند. ايشان در ديدارى با علما چنين مى فرمايند: «آقايان بايد توجه فرمايند كه بسيارى از پست هاى حسابى بــه دست اين فرقه است كه حقيقتاً عمال اسرائيل هستند. خطر اسرائيل براى اسلام و ايران بسيار نزديك است. پيمان با اسـرائيل در مقابل دول اسلامى يا بسته شده يا مى شود. لازم است علماى اعلام و خطباى محترم، ساير طبقات را آگاه فرمايند كـه در موقعش بتوانيم جلوگيرى كنيم. امروز روزى نيست كه به سيره سلف صالح بتوان رفتاركرد؛ با سكوت و كناره گيرى هـمـه چيز را از دست خواهيم داد.» خود حضرت امام (ره) در مواقع مختلف براى آگاهى دادن به مردم اقدام مى نمودند. مثـلاً در اوايل دهه 40 در مخالفت با بهائيت و اين كه آنان جاسوسان اسرائيل هستند مطالبى بيان داشته اند.در سال 1341 وقتى دو هزار نفر از بهائيان ايران با عنايات و تخفيفات ويژه ازطرف دولت براى شركت در جلسه بهائيت عازم لندن شدند، امام اعتراض خود را به دفعات اعلام داشتند: «دو هزار نفر را با كمال احترام، با دادن پانصد دلار ارز به هريك، ‌پانصـد دلار از مال اين ملت مسلم به بهائى داده اند، ارز داده اند، ‌به هريك هزار ودويست تومان تخفيف هواپيما؛ چه بكنند؟ بروند در جلسه اى كه بر ضد اسلام در لندن تشكيل شده است ‌شركت كنند.» در جاى ديگر با ذكر همين ماجرا از تخفيف بيست و پنج ميليون تومانى شركت نفت به ثابت پاسال، ‌بهائى معروف سخن به ميان مى آورند و مى گويند: «اين وضع نفت ما ، اين وضع ارز مملكت ما، اين وضع هواپيمايى ما، اين وضع وزير ما، ‌اين وضع همه ما، سكوت كنيم باز؟ هيچ حرف نزنيم؟ ‌حرف هم نزنيم؟ ناله هم نكنيم؟!… » امام در همين سال روحانيت را دعوت به اعتراض عليه سياستهاى شاه نموده چنين مى گويند: «اين سكوت مرگبار سبب مى شود كه زير چكمه اسرائيل به دست همين بهائى ها، اين مملكت ما، نواميس ما پايمال شود . واى بر اين اسلام ، واى بر اين مسلمين، اى علما ساكت ننشينيد.»
در جاى ديگرى ايشان ابعاد نفوذ و سلطه بهائيان در ايران را ذكر مى كنند و علما را به مبارزه عليه سلطـه آنــان فــرا مى خوانند:» ..اينجانب حسب وظيفه شرعيه به ملت ايران و مسلمين جهان اعلام خطر مى كنم. قرآن كريم و اسلام در معرض خطر است. استقلال مملكت و اقتصاد آن در معرض  قبضه صهيونيست هاست كه در ايران به صورت حزب بهائى ظاهر شدند و مدتى نخواهد گذشت كه با اين سكوت مرگبار مسلمين، تمام اقتصاد اين مملكت را با تأييد عمال خود قبضه مى كنند و ملت مسلمان را از هستى درتمام شئون ساقط مى كنند. تلويزيون ايران پايگاه جاسوسى يهود است و دولتها ناظر آن هستند و از آن تأييد مى كنند. ملت مسلمان تا رفع اين خطرها نشود، سكوت نمى كند و اگر سكوت كند در پيشگاه خداوند قاهر، مسئول و در اين عالم محكوم به زوال است.»
در مورد اصلاحاتى كه شاه تحت عنوان انقلاب سفيد در ايران به اجرا گذاشت، حضرت امام برخى از اصول آن را ملهم از تقويم بهائيان ذكر مى كنند و چنين مى گويند: «شما آقايان در تقويم دو سال پيش از اين يا سه سال پيش از اين بهائى ها مراجعه كنيد، در آنجا مى نويسد: تساوى حقوق زن و مرد رأى عبدالبهاء :آقايان هم از او تبعيت مى كنند، آقاى شاه نفهميده مى رود بالاى آنجا مى گويد تساوى حقوق زن و مرد، ‌آقا اين را به تو تزريق كردند، تو مگر بهائى هستى كه من بگويم كافر است بيرونت كنند. نكن اين طور، نكن اين طور… نظامى كردن زن رأى عبدالبهاء؛ آقا تقويمش موجود است، نگويد نيست، ‌شاه نديده اين را؟ اگر نديده مؤاخذه كند از آنهايى كه ديده اند و به اين بيچاره تزريق كرده اند كه اين را بگو.»
البته لازم به ذكراست كه برخى از مبلغين و بزرگان بهائيت همچون عبدالحسين آيتى (آوا) و فيض الله صبحى (كاتب عبدالبهاء) و ميرزا حسن نيكو و كسان ديگرى از عقايد بهائى به دامان پاك اسلام برگشتند و چون شوقى آنان را به باد ناسزا و بدگويى گرفت، آنها هم با نوشتن كتابهايى چون كشف الحيل،‌خاطرات صبحى و فلسفه نيكو، سوابق زشت و ناپسند ايام صباوت و شباب شوقى را بروز دادند. گروهى ديگر از بهائيان ، الواح وصايا را نامعتبر دانستند و ميرزا احمد سهراب را كه از خويشان نزديك شوقى بود به پيشوايى برداشتند و نام سهرابى بر خود نهاده، ‌كاروان خاور و باختر را تشكيل دادند.
شوقى افندى در ايام رياست خود به تقليد از اروپاييان به بهائيت صورت تشكيلات حزبى داد و محافل منتخب محلى و ملى به وجود آورد و در برخى كشورها آنها را به عنوان محافل مذهبى يا حتى شركتهاى تجارتى به ثبت رساند. روحيه خانم همسر شوقى در اين باره مى نويسد: «ميل مبارك آن است كه …. محفل را به اسم جمعيت دينى و اگر نشد به عنوان هيئتى تجارتى تسجيل نمايند.» به نظر مى رسد به سبب همين تشكيلات ادارى و حزبى است كه تاكنون بهائيت توانسته است باقى بماند. يك نظام كنترل اجتماعى نيز در اين تشكيلات تعبيه شده بود و هر كس مخالف ميل شوقى كارى مى كرد ابتدا از اين تشكيلات اخراج مى شد كه به آن «طرد اداري» مى گفتند و سپس از جامعه بيرون مى شد كه آن را «طرد روحاني» مى خواندند. بسياري  كسان گرفتار چنين مجازاتى شدند.