شيخ احمد احسايى، هر چند به وارستگى و تلاش در عبادات و رياضت‏ هاى شرعى، ستوده شده و به برخوردارى از علوم مختلف و تربيت شاگردانى چند شهرت يافته بود؛ ليكن آراء و نظرياتش، مصون از خطا و اشتباه نبود و گاهى برخى از عالمان و انديشمندان معروف آن عصر، با انتقاد جدى از انديشه ‏ها و لغزش‏هاى وى، او را «غالى»، «منحرف» و حتى «كافر» مى‏خواندند. احسايى خود مى‏ گويد:
«محمد بن حسين آل عصفور بحرانى ـ كه پدرش از مشايخ اجازه او بوده است ـ در بحثى رويارو، بر وى انكار آورد».(29)
نخستين مخالف آشكار با احسايى، از جانب محمد تقى برغانى، از عالمان با نفوذ قزوين صورت گرفت. زمان اين رويداد به سال‏هاى آخر زندگى احسايى باز مى‏گردد، وى در زمانى كه از كرمانشاه عازم مشهد بود، (سال 1237 ه. ق)، گويا در ميانه راه، چندى در قزوين توقّف داشت.
مفصل‏ترين گزارش در اين باره در قصص العلماء تنكابنى نگارش يافته است:
«برغانى در آغاز، مانند ديگر بزرگان قزوين، حرمت احسايى را نگاه مى ‏داشت؛ اما در مجلسى كه احسايى به بازديد او رفته بود، از روى آگاهى، عقيده خاص وى را در باب «معاد جسمانى» جويا شد. پس از شنيدن پاسخ به وى اعتراض كرد و آن مجلس با جدال اطرافيان، به پايان رسيد. اين رويارويى، به ميان مردم كشيده شد و جمعى از عالمان، از احسايى كناره جستند. ركن الدولة، علينقى ميرزا، حاكم قزوين، محفلى براى آشتى عالمان، با حضور آن دو ترتيب داد؛ اما اين بار گفت‏و گو، به تكفير احسايى از جانب برغانى انجاميد و انتشار اين تكفير، توقف بيشتر احسايى را در شهر، دشوار ساخت».(30)
احسايى پس از ترك قزوين، در سفرهايش به مشهد، يزد و اصفهان ـ با همه معارضه ‏هايى كه عليه او شد ـ كمابيش از پايگاه مردمى برخوردار بود. اما تلاش برغانى در تأكيد بر تكفير او و نامه ‏هايى كه در اين‏باره نوشت، از عواملى بود كه عرصه را بر احسايى، در واپسين سفرش به كربلا تنگ كرد و او را از نيت ماندگار شدن در آن جا، منصرف ساخت. خاصه آن كه در اين ميان گروهى نيز عقايد غلو آميزى، به وى نسبت دادند و در تحريك عالمان كربلا و سران دولت عثمانى كوشيدند.
حكم تكفير شيخ، در ميان عوام و خواص، در شهرهاى مختلف ايران، عراق و عربستان، نشر يافت. عده‏اى به دفاع برخاستند؛ گروهى سكوت كردند و برخى ديگر با مطالعه آثار وى، حكم تكفير را تأييد و اعلام نمودند.
عده ‏اى از عالمان و فقيهان كه شيخ و پيروان عقايد او را تكفير كردند، عبارت‏اند از:
حلاج ملا محمد تقى قزوينى، معروف به شهيد سوم؛
آقا سيدمهدى فرزند صاحب رياض؛
حاج ملا محمد جعفراستر آبادى؛
آخوند ملاآقا دربندى، مؤلف كتاب اسرار الشهادة؛
شريف العلماء مازندرانى، استاد شيخ انصارى؛
آقا سيدابراهيم قزوينى، مؤلف كتاب ضوابط الاصول؛
شيخ محمد حسن، صاحب جواهر الكلام؛
شيخ محمد حسين، صاحب فصول.(31)
البته گروهى، دشمنى با شيخ را روا نمى‏ شمردند؛ از آن جمله فقيه نامدار حاج ابراهيم كلباسى بود. وى آسان فهم نبودن پاره ‏اى از آراء و تعبيرات احسايى را، باعث سوء تفاهمات و تكفيرها مى ‏دانست و آراى احسايى را، در چارچوب عقايد اماميه، تلقّى كرده، او را از علماى اماميه مى‏دانست.
برخى نيز جانب احتياط را در پيش گرفتند. صاحب اعيان ‏الشيعه معتقد است: «شيخ و پيروانش، شطحياتى (نظير شطحيات برخى از صوفيه) و سخنان معمّاگونه و خرافاتى دارند. كتاب شرح جامعه كبيره (كه وى خود آن را ديده بود و خوانده بود) يكى از همين قبيل آثار است. مسلك اينان مايه ضلالت بسيارى از عوام‏ الناس شده است. به ويژه آن كه بيشتر فساد و گمراهى از ناحيه شاگردش سيدكاظم رشتى است. سخنان و مطالبى كه وى آورده است، بعيد دانسته شد كه خودِ شيخ قائل به آن باشد.(32)