محققان بر اين عقيده اند كه نفوذ مسيحيت در ايران ، با جنگهاى ايران و روم آغاز شد. وجود اسيران جنگى به اشاعه دين عيسى در ايران انجاميد. مهاجرت نيز نقش داشت . در قرن چهارم ميلادى اسقف سلوكيه كوشش ‍ نمود تا فرقه هاى مسيحى را زير رياست روحانى خود درآورد. اين نيت و اقدام كار را به اختلاف كشاند. شهرهاى بسيارى از ايران داراى اسقف بود؛ ارمنستان ، كردستان ، ناكركوت ، گنديشاپور، شوش ، رامهرمز، اردشير و... يك شاهد تاريخى مى گويد: رؤ ساى مذهب عيسوى در قرن چهارم ميلادى به اوامر الهى كم تر بها مى دهند. آنان جاه طلبى دارند، غرور و حسد و خودپرستى آنان را فرا گرفته و به خريد و فروش اشياء مقدسه پرداخته اند. تا وقتى امپراطورى روم شرقى دين رسمى نداشت ، عيسويان ايرانى در كمال آسايش و آرامش زندگى مى كردند، ولى پس از آن كه دولت روم دين عيسى را پذيرفت ، اوضاع عوض شد؛ ايرانى هاى عيسوى مجذوب دولت روم شدند و براى خود گرفتارى درست كردند. شاپور دوم به شاهزادگان كشور نامه اى نوشت كه عيسويان را تحت تعقيب قرار دهند و از آنان ماليات و خراج سنگين بگيرند، زيرا آنان به دشمن شاپور يعنى قيصر روم كه در حال جنگ با ايران بود، پيوسته و تمايل نشان داده بودند. تعقيب عيسويان به دستور شاپور دوم از سال 339 ميلادى تا زمان مرگ او ادامه داشت . بويژه در سرحدات غربى و مجاور دولت روم ، گروه بسيارى از عيسويان كشته و تبعيد شدند.(534)
پس از انعقاد صلح بين ايران و روم ، شاه (يزدگرد) فرمان داد تا كليساهاى ويران شده را بسازند.
امپراطور روم هيئتى مركب از چند نفر به رياست ماروثا اسقف مسيحى به دربار ايران فرستاد. يزدگرد به روحانيون مسيحى اجازه فعاليت در سراسر كشور داد. ماروثا يزدگرد را راضى ساخت كه در سلوكيه يك مجمع دينى تشكيل دهند تا به امور عيسويان ايران رسيدگى شود. اين مجمع در سال 410 ميلادى به رياست اسحاق اسقف سلوكيه منعقد شد. در هنگام افتتاح به شاه ايران دعا شد. مسيحيان در ايران از اين آزادى سوء استفاده كردند، در اواخر سلطنت يزدگرد با اقدام عليه امنيت كشور مردم ايران را رنجاندند. آنان گستاخ شده و در شهر اردشير يك آتشكده را ويران كردند و به دين رسمى ايران زرتشت اهانت كردند.(535) نفوذ مسيحيت در ايران بسيار زياد بود. برخى سلاطين ساسانى به اين آئين تمايل نشان دادند و بسيارى از خاندانهاى ايرانى به عيسويت گرويدند. اگر اسلام به ايران نيامده بود، دين عيسى ايران را نيز تسخير مى كرد.(536)
نهضت هاى سياسى - دينى ايران عهد ساسانى از جمله ((مانى )) به تعاليم عيسويان نزديكى و گرايش داشت .
گويا عيسويان توانسته بودند خسرو پرويز شاه ساسانى را تحت تاءثير قرار دهند. اين تاءثير توسط ((ماريا)) شاهزاده رومى كه با وى ازدواج كرده بود، اعمال مى شد.(537)
آزادى عمل عيسويان در اين دوره از تاريخ ساسانيان پيدايش فرقه هاى مختلف مسيحى در ايران را باعث شد.
فرقه ((يعقوبيه )) يكى از اين فرقه هاست . ((شيرين )) يكى از زنان خسرو پرويز از اين فرقه بود. شيرين كوشيد تا شاه را راضى كند كه ((گرگوار)) معلم مدرسه نصرانى سلوكيه را به عنوان مقام رسمى مسيحيت در ايران به رسميت شناسد.
شاه نيز چنين كرد. فرقه ((نسطورى )) نيز كوشيد تا ((مهران گشسب )) را طرفدار خود كند و چنين كرد، سپس او را تعميد داده و به نام ((گيورگيس )) ناميدند.
او بعدها از مسيحيان مؤ من و مرتاض شد و املاك وسيع خود را در اختيار مسيحيان ايران قرار داد.
گويا بستگان ((مهران گشسب )) نيز نصرانى شدند، از جمله خواهر او كه به عقايد خود اعتراف كرد.(538)
منابع تاريخى نشان مى دهند كه گويا مسيحيت در حدود نيمه دوم قرن اول ميلادى در دوره پادشاهى ((بلاش اول )) بوسيله مبلغان مسيحى ، وارد ((ايران )) شد.
تبليغ مسيحيت در ايران و سوريه و عراق همزمان بوده است . برخى محققان گويند كه بيست سال پس از عروج ((عيسى )) به آسمان يكى از شاگردان ((مسيح )) به همراه ((مريم )) به عنوان نخستين مبلغ مسيحى به كشور پارتها و هند آمده است . پس مسيحيت در ايران همزمان با ظهور مسيح بوده است .(539)
و نيز گفته اند كه دو نفر از رسولان : شمعون و يهودا براى بشارت و تبليغ عيسى به ايران رفتند و موبدان زرتشتى ايشان را كشتند. و گفته اند كه اين دو براى بشارت به هندوستان هم رفته اند.
و نيز گفته اند: در اواخر قرن اول ميلادى دين عيسى در بين النهرين گسترش ‍ يافته است . و بنا به قولى در سال 104 ميلادى مبلغى مسيحى كه ابتدا زرتشتى بوده ، به عنوان اسقف آرابل معين شده بود. اين شهر كم كم مركز مسيحيت و كليساى شرق و شمال و جنوب دجله شد.
در سال 225 ميلادى در حدود دو ناحيه اسقفى در بين النهرين و ايران وجود داشته كه يكى در نزديكى درياى خزر بوده است .(540)
و همان گونه كه گفته شد، از سال 399 تا 420 ميلادى مسيحيان در ايران فعال بودند. در سال 410 ميلادى نزديك به چهل ناحيه اسقفى در ايران وجود داشت . در سال 424 ميلادى شمار نواحى اسقف نشين به 66 مركز رسيد. در آن ايام در شهرهاى : رى ، اصفهان ، سيستان ، نيشابور، مرو، هرات و... در هر يك از آنها يك اسقف سكونت داشته است .
از سال : 429 تا 439 م فعاليت مسيحيان محدود و احيانا ممنوع شد؛ زيرا بين ايران و روم جنگ درگرفت و مسيحيان ايران كه تابع كليساى مركزى روم بودند واز امپراطور روم حمايت مى كردند، تحت فشار قرار گرفتند. پس از انعقاد صلح بين ايران و روم ، دولت روم يكى از مواد صلحنامه را آزادى عمل مسيحيان ايران قرار داد. اما روحانيون زرتشتى مانع اين فعاليت شدند. مسيحيان ايران چاره را در اين ديدند كه تابعيت خود را از كليساى روم پس بگيرند و در ايران مستقل باشند و كليساى مستقلى داشته باشند. آنان نيز مانند فرقه نسطورى داراى استقلال شدند و از درگيرى هاى سياسى - نظامى بين ايران و روم مصون ماندند. در حال حاضر اكثر مسيحيان ايران از فرقه نسطورى و در واقع نسطورى مذهب مى باشند.(541)