طرفداران «انجمن حجتیه» با استناد به برخی از روایات نهضت امام خمینی رحمت‌الله‌علیه را خارج از تعالیم اهل‌بیت علیهم‌السلام دانسته خون‌های ریخته شده در این راه را جز مایه رنج و اندوه شیعیان ندانسته و نمی‌دانند. اما استدلال رهبران و طرفداران انجمن حجتیه به این روایت، باطل است؛ زیرا مطابق با آنچه که امام خمینی رحمت‌الله فرمودند مراد و مقصود این روایت، این است که هر کس عَلمی به‌عنوان «مهدویت» بلند کند، آن عَلم، عَلم باطل است.

بسیاری از مفسرین، ذیل تفسیر آیه 33 سوره توبه می‌نویسند که مصداق کامل برای این آیه، حکومت جهانی امام عصر (عج) است. «سید ابوالفضل برقعی»، با فهم ناصحیح از این آیه، فکر می‌کند که مراد از غلبه بر سایر ادیان، محو و نابودی آنها است؛ در حالی که مطابق آنچه که مفسرین ذکر کرده‌اند، مراد از واژه «اظهار» در این آیه، محو ادیان نیست، بلکه غلبه اسلام است.

يكی از آياتی كه به اعتقاد شیعه، دلالت بر ظهور امام زمان (عج) دارد، «آيه استضعاف» است؛ اما «سید ابوالفضل برقعی» از چهره‌های «قرآنیون»، سعی دارد اثبات کند که مستضعفان این آیه، بنی‌اسرائیل هستند و لاغیر که در پاسخ باید گفت: بر اساس قاعده جری و تطبیق، آیه استضعاف هم‌چنان جاری است و علاوه بر سبب نزول آن، می‌تواند اشاره به قومی داشته باشد که در آینده خواهند آمد.

طبق اعتقاد اعضای انجمن حجتیه، انسان منتظر، انسانی صبور است که باید در مقابل ظلم برای لو نرفتن و پیشبرد کارهای خود، تقیه را پیشه خود سازد؛ اما امام خمینی (ره) در نگاهی کاملا متفاوت معتقدند، با تشکیل حکومت عدل است که می‌توان زمینه ظهور حضرت را فراهم آورد.

از شایع‌ترین سخنان و اعتقادات انجمن حجتیه این است که باید ظلم و فساد زیاد شود تا امام زمان (عج) ظهور کند و به این بهانه، هیچ مبارزه‌ای با ظلم و فساد ندارند. در پاسخ باید گفت: با دقت در روايات و سایر اخبار روشن مى‌گردد كه زياد شدن تباهى، فساد و ظلم از نشانه‌هاى ظهور به شمار مى‌آيد، نه زمينه، شرط و سبب ظهور.

فرقه اهل حق به مسئله مهدویت و اصل ظهور منجی معتقد است؛ اما در این مسئله بر اساس اعتقاد به حلول و تناسخ دارای عقاید خاصی است که این فرقه را از سایر معتقدان به موعود و مهدویت متمایز می‌کند.