اعتقادات
از مسائلی که در میان شیعیان مطرح است، مساله جانشینی امام عصر (عج) می‌باشد. شیعیان عقیده دارند بعد از غیبت صغرا، حضرت فقط از طریق نمایندگان چهارگانه خود با شیعیان مرتبط بوده است. اما صوفیه ادعا دارند که در زمان غیبت امام زمان (عج) نیابت حضرت از آن ایشان است و به‌جای نواب اربعه نیابت را به بزرگان خود ختم می‌کنند.
ابن عربی، مدت امامت حضرت مهدی (عجل الله تعالی فرجه الشریف) را 9 سال می داند، در حالی که به اعتقاد شیعه و اکثریت اهل سنت، آن امام همام، بعد از شهادت پدر بزرگوارش امام عسگری(علیه السلام) به سال 260 هجری قمری، از دیده‌ها پنهان شده و از آن زمان تا کنون پشت غیبت قرار گرفته است و روزی به امر خداوند متعال، ظهور خواهد کرد و اشتباه بودن سخن امثال ابن عربی روشن خواهد شود.
یکی از علل تشکیل فرق و نحله‌های اعتقادی و مذهبی از سوی دشمنان یک امت، مقابله با محور وحدت در آن جامعه می‌باشد. ازآنجاکه دو چیز در امت اسلام به‌عنوان محور وحدت از سوی پیامبر اسلام (صلی الله علیه و آله) معرفی‌شده بود، دشمنان مسلمین در لباس نفاق و تزویر به مبارزه با آن دو پرداختند. آن دو رکن وحدت یکی کتاب و دیگری عترت و اهل‌بیت رسول خدا (صلی الله علیه و آله) می‌باشد.
صوفیه گنابادی، نیابت نواب اربعه امام زمان (عجل الله تعالي فرجه الشريف) را از طرف امام زمان و امام حسن عسگری (عليه السلام) به این نیابت رسیده بودند؛ را نمی‌پذیرند و به نیابت اقطاب خودشان قائل هستند و نیابت نواب اربعه را فقط در اخذ هدایا و وجوهات شرعی می‌دانند.در حالی که بسیاری از علمای شیعه به بزرگی و وثاقت آنان اذعان دارند.
تلاش صوفیه برای آن است که به مریدان بفهماند که به خدا قسم من قطب هستم و از جانب خداوند تایید شده ام، چرا که اگر اجازه نباشد، قطب بیچاره چونکه معنویتی ندارد و با بقیه مردم هیچ فرقی ندارد، بلکه مقامش پایین تر از مردم عادی است. چون مردم عادی هر چه هستند، مردم را دانسته به انحراف نمی‌کشانند. اینکه می‌گوییم قطب معنویتی ندارد به گزاف نیست، بلكه حقيقت است.
صوفیه معتقدند سالک باید در تمام اعمال و عبادات حتی نماز صورت مرشد را در خیال خویش داشته باشد تا از صور شیطانی و حواس‌پرتی دور بماند و آن را مستند به روایات می‌کنند در حالی که خود تصور صورت مرشد باعث حواس پرتی و مستلزم شرک است چون هدف ما از نماز و عبادت پرستش خداوند متعال است نه قطب.
مساله سلسله اسناد خرقه که صوفیان از این طریق ریشه خرقه‌پوشی را به سنت می‌رسانند ظاهراً اولین بار در قرن ششم در اسرار التوحید آمده است و سابقه‌ای در قرون قبل ندارد و نمی‌تواند در فهم تاریخ پیدایش خرقه‌پوشی مفید واقع گردد. برخي از روایات سلسله سند خرقه را به پیامبر (صلی الله علیه و آله) می‌رسانند وبرخي دیگر آغاز پوشیدن خرقه را از عصر جنید ذکر می‌کنند.
صوفیان گنابادی به پیروی از پیشگامان خود و بر اساس آن اصل معروف و رایج در تصوف «صوفی لا مذهب است و مَن لا مذهب له ابن الوقت است و هر اقتضایی دارد.» سخنان ضد و نقیض درباره مسائل مختلف مطرح می‌کنند. یکی از این مسائل، اظهار نظر‌های بزرگان و اقطاب صوفیه در مورد مسئله اجتهاد و ولایت فقیه است.
اقطاب فرقه‌ی گنابادی برای بیعت جایگاه ویژه‌ای قائلند، به گونه‌ای که آنان در تفسیر روایتی از پیامبر اکرم که اسلام را بر پنج ستون استوار می‌داند، که نماز، روزه، زکات، حج و ولایت است، می‌گویند: خداوند در چهار ستون اول رخصت داده است. لیکن در بیعت که دروازه‌ی ورود در ولایت و ایمان است رخصت نداده و جمیع مسلمانان بشرط بیعت اعمالی مقبول و پذیرفته خواهند داشت.
در عقيده برخي صوفيه، زمانی که شخص سالک الی الله به مرحله حقیقت رسید دیگر نیازی به شریعت نیست، چرا که هدف از عبادات، رسیدن به حقیقت است، درحالی که در هیچ جای زندگی ائمه‌اطهار(ع) ما ترک عبادتی از آنها نمی‌بینیم و حضرت امیرالمومنین(ع) که صوفیه این‌قدر به آن حضرت ابراز ارادت می‌کنند، در حال ادای نماز واجب به شهادت رسید و درواقع این طریقت وحقیقت، چیزی جز راه فراری از شریعت نیست.
بعضی ازفرقه‌های صوفی، خود را از دخالت در مسائل اجتماعی که سیاست نیز از جملهٔ این امور است، دور نگه می‌دارند و معتقدند که این دستور ملا سلطان موسس فرقهٔ صوفیه گنابادیه بوده و این امر (سیاست) در قلمرو شریعت است و باید از مرجع تقلید دستور گرفت. ولی با این وجود بعضاً کارهایی انجام می‌دهند که تناقض‌های زیادی با این ادعا‌های خود دارد.
عده ای از دراویش و متصوفه، قطب را امام وقت می‌دانند، در حالی که ظاهراً سعی می‌کنند نشان دهند ائمه (علیهم‌السلام) را قبول دارند؛ ولی در آثار و افکار رهبرانشان مسئله طور دیگری است. برای مثال: در فصلنامه «عرفان ایران» که منسوب به فرقه گنابادیه است، آمده است: «اعتقاد به وجود امام به عنوان قطب عالم امکان با مفهوم قطب درتصوّف تقریبا یکسان است.»
از اعتقادات صوفیه پرداخت عشریه به جای خمس اموال است. این اعتقاد را ملا سلطان به نحوی توجیه می‌کند و حال آنکه ملا سلطان با اینکه خود را مجتهد می‌داند، ولیکن می‌گوید در امر فتوی دادن دخالت نمی‌کند و این حوزه را به فقها می‌سپارد و دیگر اینکه کسانی هم که قائل به تحلیل خمس هستند نیز به یکباره خمس را حلال نکرده اند.
در میان عامه مردم محل عبادت صوفیه به خانقاه مشهور است. از گذشته نه چندان دور و حتی امروزه مکان‌هایی که مربوط به دراویش و صوفیه هستند، به نام خانقاه معروف است. و موید این مطلب نیز کتب و اسنادی است که از صوفیه نامی برده‌اند و محل اجتماع ایشان را خانقاه ذکر کرده‌اند و این در حالی است که اقطاب امروزی خلاف بزرگانشان سخن گفته اند.