حضرت فاطمه (س) همچون سیاست‏مداری قهرمان به تکلیف و رسالت الهی خویش در جهت آگاه کردن افکار عمومی مسلمانان از راه اشتباهی که در مسئله امامت و خلافت پیمودند عمل کرد. ایشان برای روشن‏‌ ساختن افکار عمومی، چند شب همراه امام حسن و حسین و حضرت علی (ع) به درِ خانه مهاجر و انصار می‌‏رفت؛ در همین راستا در مسجد خطبه‌ای سیاسی خوانده و در نهایت وصیتنامه سیاسی نوشتند.

دفن شبانه، نماز بدون حضور و اطلاع خلیفه ظاهری، قبر پنهان، اسرارى است که در درون خود پیام دارند. با توجه به مدارک موجود و اعتراف بزرگان اهل سنت، دلیل دفن شبانه حضرت زهرا (س) وصیت ایشان بود که نمى‌خواست افرادى که بر او ستم کرده‌اند، بر پیکر مطهر نماز بخوانند و حضرت با این کار ناراحتی خود را از غصب خلافت نشان دادند.

خطبه سوم نهج البلاغه که به خطبه شقشقیه معروف است، مشتمل بر شکایت امام علی (علیه‌السلام) در مورد خلافت و صبر امام در برابر از دست رفتن آن و سپس بیعت مردم با او است. آن حضرت در این خطبه می‌فرماید: به خدا سوگند! ابوبکر رداى خلافت را بر تن کرد، در حالیکه خوب مى‌دانست، من در گردش حکومت اسلامى، همچون محور سنگهاى آسیابم.

یکی از مروجان فرقه صوفیه گنابادی مسئله خلافت را امری مردمی و نه الهی معرفی می‌کند و معتقد است که عملکرد ائمه اطهار (علیهم السلام) در خصوص مسئله خلافت، یعنی حکومت ظاهری بر مردم، تابع وضعیت مردم زمان خودشان بوده است. لذا برای اثبات این عقیده خود به جعل تاریخ متوسل می‌شود و ادعا می‌کند که حضرت علی و حضرت امام حسن و امام حسین (علیهم السلام) هیچ تلاشی برای رسیدن به خلافت انجام ندادند.

بزرگان و نظریه پردازان این فرقه، خلافت و امامت ائمه اطهار (علیهم السلام) را به دو جنبه ظاهری و باطنی تقسیم کرده و از خلافت به ریاست ظاهری و از امامت به ریاست و ولایت باطنی و معنوی تعبیر کرده‌اند. ایشان خلافت را شأن ائمه اطهار (علیهم السلام) نمی‌دانند، چراکه معتقدند که خلافت، حکومت ظاهری بر مردم و امری انتخابی است. درحالی‌که امامت، ولایت معنوی و باطنی و امری انتصابی برای دستگیری، هدایت و ارشاد نفوس انسان‌ها است.

شرافت و بزرگی امام علی (علیه السلام) نه تنها در زمان حیات پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) و دوران متصل به آن، بلکه در ادوار پس از آن نیز برای بسیاری از عالمان و بزرگان متقن بوده و هست و بسیاری از بزرگان علمی مذاهب به این موضوع اذعان دارند.