بزرگان فرقه‌ی صوفیه سلطان علیشاهی، یادی را که حضرت امام خمینی از تفسیرملاسلطان کرده‌اند را وسیله‌ی ترویج و تطهیر خود کرده‌اند؛ لکن به این توجه نداشتند که حضرت امام نه تنها در هیچ کجا مطلبی از همان تفسیر نقل نکرده‌اند، بلکه تفسیر ملاسلطان را مذمت هم کرده‌اند.