صوفیه معتقد است؛ عارف کسی ا‌ست که خدا را در اشیاء و بلکه در هر شیئ می‌بیند. در و دیوار و زمین و آسمان همه خدا هستند. گوساله‌ پرستی هم خدا پرستی‌ است. زیر سؤال رفتن رسالت پیامبران الهی از جمله مفاسد نظریه وحدت وجود صوفیانه ابن عربی است که علامه جعفری آن را مخالف روش انبیاء می داند.

علامه جعفری ازجمله اندیشمندان و متفکران معاصری بود که انتقادات جدی به مکتب وحدت وجود داشت. وی در کتاب مبدأ أعلی با دلایلی به نقد وحدت وجود پرداخته و مکتب وحدت وجود را مخالف روش انبیاء میداند. وی معتقد است که اختلاف عقائد در عالم بشریت برای این مکتب نامفهوم است.

در مورد نظریه‌ی وحدت وجود حکما و فلاسفه و مکاتب مختلفی مانند صوفیه و غیره نظرات مختلفی داده‌اند. در این بین عرفای بزرگی مانند ملاصدرا برخی از این‌ها را تکفیر و تکذیب کرده. سرکرده‌ی عرفان حلقه نیز در این رابطه نظریه‌ای داده و گفته: «عالم وحدت به عالمی اطلاق می‌گردد که ادراکی بوده، در آن انسان به درک تن واحده بودن جهان هستی می‌رسد.»

یکی از عقاید انحرافی فرقه‌ی صوفیه، اعتقاد به وحدت وجود و موجود است که در آثار و اندیشه و اعمال آنان دیده می‌شود، که نسبت به این عقیده نادرست، علمای و اندیشمندان بسیاری با آنان مخالفت کرده‌اند که علامه جعفری از علمای معاصر، یکی از این افراد است که با دلایل کافی و محکم، عقاید آنان را مردود دانسته است.