ملاعلی گنابادی بعد از به قطبیت رسیدن در راه انتقام گرفتن از قاتل پدر خود دست به کشتار زیادی زد و به گفته آیت‌الله مدنی قریب به چهل نفر را کشت و اموال زیادی را غصب کرد، که منجر به قیام مردم گناباد برعلیه او شد. نورعلیشاه ثانی هرکسی را که گمان می‌کرد در قتل پدرش دست داشته را به هر نحوی به قتل می‌رسانید. به دست نورعلیشاه پسرعمه ایشان را به قتل رساندند و بدن او را قطعه قطعه کردند.