تاریخچه
محققین بر این باورند که پیدایش تصوف به‌صورت تصادفی نبوده و ایجاد آن را از جمله برنامه‌های زیرکانه یهود برای اسلام می‌دانند. چنانچه رهبانیت ایجاد شده در مسیحیت را به‌وسیله پشمینه‌پوشی در اسلام وارد کردند تا مسلمانان را در انفعال و سستی قرار دهند و تا بتوانند روحیه جهاد و مقاومت را از آنها بگیرند.
در میان صوفیه مشهور است که عده ای از بزرگانشان علوم خود را از اهل بیت (علیهم السلام) فرا گرفته‌اند و جزو یاران ائمه هستند. یکی از کسانی که این مطلب را بیان کرده است، سید حیدر آملی است. در صورتی که عده‌ای دیگر منکر چنین ارتباطی شده و ارتباط افراد نامبرده را با اهل‌بیت (علیهم السلام) منکر شده و منبعی برای این ادعا نیافته‌اند.
همواره صوفیان، علما و فقها را تنها گروهی می‌دانند که حکم به قتل حلاج کرده‌اند. درحالی‌که محققین به این نتیجه رسیده‌اند که نه تنها فقهایی از شیعه و سنی حکم بر کفر حلاج کرده‌اند، بلکه صوفیان مشهوری از هم‌عصران حلاج نیز حکم به کفر او کرده‌اند. کما اینکه جریری صوفی مشهور، حلاج را به خاطر اعتقادات کفرآمیزش مستحق قتل می‌داند و یکی از صوفیان در کتاب خود صوفیان مکتب صحو را عاملان اعدام حلاج دانسته و معتقد است که حلاج توسط صوفیان اعدام شد.
علی تابنده از اقطاب فرقه نعمت اللهی گنابادی به‌مانند بسیاری از صوفیه معتقد است که تصوف از زمان پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) شروع شده است چراکه به‌خاطر نامیده شدن مؤمنین حقیقی به زهاد و شیعه است که بزرگانی از شیعه مثل سلمان و ابوذر و عمار در متون صوفیه از اولین صوفیه نامبرده شده‌اند. حال‌آنکه حضرت با پیشگویی آمدن تصوف در زمان‌های دیگر خط بطلانی بر این ادعا می‌کشند.
برخی حسن بصری را یار و مرید خاص امیرالمؤمنین علی (علیه‌السلام) می‌دانند و از او به‌عنوان محرم اسرار آن حضرت نام می‌برند. حال‌آنکه قول و فعل حسن بصری برخلاف این نظریه است. زیرا در قبول کردن منصب فتوا و قضاوت دربار بنی‌امیه و همچنین فتوا به یاری بنی‌امیه، نمی‌توان جز مخالفت با امر اهل‌بیت (علیهم‌السلام) چیزی دید. همچنین دوستی حسن بصری با حجاج و تمجید و تعریف حجاج بن یوسف از حسن بصری نشانی دیگر از دشمنی حسن بصری با اهل‌بیت عصمت و طهارت (علیهم‌السلام) است.
ریشه و سرچشمه اعمال و آیین صوفیه همواره مورد مناقشه بین صوفیان و غیرصوفیان بوده است. در حالی صوفیه ریشه اعمال و آیین و روش خود را اسلام معرفی می‌کنند که بسیاری از محققین مسلمان و غیرمسلمان بر غیر اسلامی بودن این اعمال تأکید دارند. کما اینکه ابوریحان بیرونی بسیاری از اعمال و ریاضت‌های هندی را مشابه اعمال و رفتار صوفیان می‌داند.
سران صوفیه در تمام مقاطع زمانی، مدعی این مسئله بوده‌اند که تصوف ریشه در اسلام ناب دارد و بدعت گونه بودن و ریشه داشتن در فرق و ادیان دیگر را رد کرده‌اند. حال‌آنکه بسیاری از محققین سرچشمه تصوف را نه در اسلام، بلکه در بیرون از اسلام می‌دانند. چنانچه برخی از محققین صوفی نیز به این مطلب اعتراف کرده‌اند که برخی از اعمال صوفیه ریشه در مکاتب غیر اسلامی دارد.
برخلاف ادعای برخی از صوفیه که فرقه خود را اصیل و اسلامی معرفی می‌کنند، برخی دیگر معتقدند صوفیه فرقه‌ای التقاطی است و آداب و رسوم خود را از دیگر ادیان و فرقه‌های مختلف اخذ کرده است. بنابراین برای صوفیه نمی‌توان چهارچوب مشخصی درنظر گرفت، لذا در هر دوره این فرقه راه خود را به سویی کج کرده است.
ابوهاشم کوفی که به عنوان اولین صوفی مشهور است، در منابع اسلامی مورد مذمت بزرگان شیعه واقع شده است. این مساله تا جایی پیش می‌رود که امام صادق (علیه السلام) او را فاسد العقیده می‌داند. وقتی امام صادق (علیه السلام) اولین کسی که مشهور به صوفی است را فاسد العقیده می‌داند، چطور صوفیان امروزی راه درست را در پیش گرفته و منحرف نیستند؟
بعد از آنکه حسین بن منصور ادعای وکالت امام زمان (عج) را کرد، سعی کرد علما و بزرگان شیعه را به خود جلب کند. در این زمان تصمیم گرفت ابوسهل نوبختی را در زمره یاران خود درآورد و به تبع او هزاران شیعه امامی را به عقاید خود معتقد سازد. ولی نوبختی ادعاهای حسین بن منصور را تکذیب کرد و با منطق آن را رد کرد.
برخی از پژوهشگران منشا تصوف را آیین‌های غیر اسلامی می‌دانند. این عده به خاطر شباهت‌هایی که میان برخی از عقاید یا آداب و مناسک تصوف و آیین‌های هندو وجود دارد، منشا تصوف را آیین هندو می‌دانند و همین امر موجب شده تا به تصوف بی‌اعتنایی شود.
شیطان در بین برخی از بزرگان صوفیه از جایگاه ویژه‌ای برخوردار بوده است و کسانی همچون حلاج و غزالی از سینه‌چاکان شیطان به شمار می‌آیند و او را سید الموحدین معرفی کرده‌اند، ولی عین القضات همدانی بیشتر از همه صوفیان، سنگ شیطان را به سینه زده است و او را معلم فرشتگان دانسته و کسی از اسرار او آگاه نشد.
تصوف در قرن هفتم به‌مرور میان شیعه نفوذ کرده بود و طی قرن هشتم تا پایان قرن نهم، این مذهب در ایران به‌شدت از تصوف تأثیر پذیرفت. درپی تأثیرات صوفیه بر عده‌ای از شیعیان، دولت صفویه به دلایل سیاسی و اعتقادی، به‌منظور کاهش نفوذ صوفیه، به‌تدریج از فقها و علمای امامیه برای اداره امور دینی جامعه کمک گرفت و آنان را در قدرت سیاسی سهیم کرد. نتیجه این کار کاهش نفوذ صوفیه در دولت صفوی بود.
با آنکه دولت صفویه به کمک صوفیان قزلباش و با اتکا به میراث قرون گذشته صوفیه روی کار آمد، ولی در ادامه با شناخت کافی که از صوفیه پیدا کرد و با توجه به احساس خطری که از ناحیه صوفیه برای آنها حاصل شد، خانقاه‌های صوفیه را منحل کرده و قبور بزرگان صوفیه را تخریب نمود. دوست داشتن شاه صوفی از سوی قزلباشان موجب شده بود تا آخرین قطره خون به شاه وفادار باشند.